Fou creada el 25 de maig de 1808 davant l’exigència popular que fos organitzada la lluita contra els francesos, i fou integrada per representants del poble, com el franciscà Joan Rico i l’advocat Manuel Cortés i Sanç, i per les antigues autoritats locals, empeses a lluitar contra Napoleó per por a un avalot popular. La presidí el capità general, Rafael Vasco y Vargas, comte de la Conquista, amb l’arquebisbe Josep Company i Soler com a vicepresident.
La Junta inicià el mateix dia les negociacions amb Anglaterra, a través del comandant de l’esquadra anglesa, per tal d’obtenir ajuda contra Napoleó; l’endemà proclamà Ferran VII com a rei legítim; reprimí les matances del sanguinari Baltasar Calvo, que féu executar, i preparà la ciutat per superar amb èxit el primer setge francès (juny del 1808). Envià ambaixadors als regnes de Sicília i Sardenya i entrà en contacte amb els virreis dels països d’Amèrica. Al cap de poc envià circulars a totes les juntes locals antinapoleòniques, per tal de crear una Junta Central, que es constituí a Aranjuez (setembre del 1808). Aleshores adoptà el nom de Junta Superior d’Observació i Defensa, que col·laborà en la lluita i el proveïment de la ciutat. El 3 de març de 1810 fou suprimida per l’aleshores capità general Josep Caro i Sureda.