Fundat al maig del 1909, fou impulsat pels germans Mauchan, dos anglesos que treballaven en una fàbrica al barri. El nom de l’entitat prové d’un concurs de globus lliures celebrat el dia de la fundació a la platja de la Mar Bella, que guanyà un globus de nom Júpiter. Aconseguí el Campionat de Barcelona de segona categoria (1917) i el Campionat de Catalunya de segona categoria (1917, 1925, 1928, 1929, 1937). Es proclamà campió d’Espanya de segona categoria la temporada 1924-25. Jugà a primera categoria catalana des de la temporada 1929-30 fins a l’esclat de la Guerra Civil. En aquesta època arribà a tenir 2.000 socis.
Equip amb connotacions polítiques, l’any 1924 veié com la Dictadura de Primo de Rivera li prohibia l’escut quadribarrat i estelat. Amb l’arribada de la República recuperà l’escut original, el franquisme el tornà a prohibir i el 1989 fou novament restituït. Acabada la Guerra Civil, durant un any fou anomenat Club Deportivo Hércules i es veié obligat a canviar d’uniforme.
La temporada 1943-44 ascendí a tercera divisió, categoria en què competí més de quaranta temporades. La 1987-88 jugà a segona divisió B. Guanyà cinc títols del Torneig d’Històrics (1985, 1988, 1989, 1995, 2000), un Trofeu Interclubs (1953) i un títol de primera territorial (2010). La temporada 2009-10 incorporà un equip femení, i disposa de nombrosos equips de categories inferiors. Dels seus rengles sorgiren figures tan destacades com Rosalench, Tui Bosch i Quimet Rifé. Des del 1948 juga al camp de futbol de la Verneda.
L’any 2009 rebé la Medalla d’Or de la Ciutat de Barcelona al mèrit esportiu i el 2013 la Medalla d’Honor de Barcelona.