Originàriament s’intitulava de Sant Miquel, i en depenien l’església parroquial de Sant Vicenç, la de Santa Maria la Vella i altres del veïnatge. Totes depenien de la Santa Seu per disposició del fundador. Des del s XI s’intitulà només de Santa Maria, segurament per haver-se traslladat a aquesta església, ara desapareguda, situada al peu del castell i consagrada el 1055. El comte Bernat II de Besalú intentà de reformar-la en canònica augustiniana, i per això la sotmeté el 1086 a Sant Ruf d’Avinyó. L’oposició dels canonges aquisgranesos a la reforma féu que el comte acollís els canonges reformats a l’església del castell, mentre s’extingia progressivament la vella canònica.