Modernament, la comunitat es traslladà a Sarrià, i l’antiga església ha mantingut el nom com a parròquia. Fou fundada pels comtes de Barcelona Sunyer I i Riquilda, prop de l’antiga església de Sant Sadurní, al puig del Cogoll. El 945 fou consagrada la seva església i s’hi aplegà la comunitat. La primera abadessa fou Adelaida, dita Bonafilla, que sembla que era la filla dels fundadors; es creu que és la mateixa abadessa Adelaida que entre els anys 942 i 949 regí el monestir de Sant Joan de les Abadesses i que més tard (986-994) tornà a regir el monestir de Sant Pere després de la destrucció d’Almansor. El monestir fou dotat amb molts alous, especialment amb possessions a Provençals, Castellar, Montmeló i Cervelló. La presa de Barcelona per Almansor (985) fou causa de la destrucció del monestir i de la pèrdua del seu arxiu. Refet tot seguit amb l’ajuda del comte Borrell II i del bisbe Vives, s’hi reuní una petita comunitat, composta per l’abadessa Adelaida i cinc monges; una d’elles, Ermetruit (989), sembla que era la llegendària abadessa Madrui, que, segons cròniques posteriors, havia estat presa i deportada a Mallorca i rescatada allà per un parent seu. Ella serviria com a prova vivent per a refer l’antic patrimoni en el judici oral del 991; anys després Madrui fou venerada com a santa al monestir.
El 1030 aquest fou posat pels comtes sota la protecció del bisbe i la seu de Barcelona. Una butlla papal del 1072, obtinguda a precs de l’abat de Cuixà, que durant un parell de segles actuà com a protector del monestir, concedí al monestir la protecció papal i l’exempció d’interdictes i drets de sepultura dels fidels, i tot això fou confirmat per una nova butlla del 1193. Deu anys abans (1183) el rei Alfons I l’havia pres sota la seva protecció. El 1079 envià algunes monges a fundar una comunitat femenina a l’antic monestir d’Elins. En aquest temps la comunitat oscil·lava entre sis i vuit monges. Durant l’abadiat de Guisla de Llobregat fou refeta l’església, que fou consagrada el 1147, i en el d’Elisenda de Rocafort fou consagrat un nou altar de Sant Benet (1169) i edificat el claustre (~1190) per donatiu de Beatriu de Rocafort, mare de l’abadessa, que també es feu monja. L’església, avui una parròquia de Barcelona, englobà l’antiga de Sant Sadurní, i guarda capitells i impostes preromàniques de la primitiva edificació; la nau i les voltes actuals són del segle XVII, però han estat molt modificades, a causa de les successives destruccions i reparacions dels anys 1697, 1714, 1835, 1909 i 1936. El claustre, ampliat amb una galeria superior, gòtica, vers el 1322, fou destruït el 1873, i molts dels seus elements es guarden al Museu d’Art de Catalunya, al Museu Santacana de Martorell i en col·leccions privades. La resta del monestir fou destruïda a la mateixa data, després d’haver servit de presó.
A mitjan segle XIII entrà a formar part de la Congregació Claustral Tarraconense i inicià una època de prosperitat, palesa en l’augment de monges, fixades en cinquanta-cinc des del 1310 i ampliades amb trenta noves monges que ingressaren juntes el 1318; totes eren filles de la noblesa i de ciutadans rics. L’abadessa era una veritable senyora feudal, i en depenien dos domers, que tenien cura de la parròquia de Sant Pere, cosa que fou causa de dificultats amb el bisbe. El 1582 s’aplicà al monestir la clausura papal manada pel concili de Trento, no sense dificultats, car, pel fet de ser les monges de casa noble, habitaven al monestir amb les seves criades; d’aleshores endavant els fou obligatori el dormitori en comú. El monestir mantingué una comunitat oscil·lant en les cinquanta monges els segles següents; amplià les edificacions monàstiques i també aixecà un campanar nou i una capella del Santíssim (1752). Al principi del segle XIX començà una època de problemes, amb l’ocupació de part del monestir pels francesos (1808) i una breu expulsió de les monges el 1814. De nou en foren tretes entre el 1823 i el 1828, i el monestir fou destinat a presó; el 1835 hi hagué una nova expulsió, i el monestir tornà a ser presó, estat que es mantingué fins el 1873, a despit de les pressions de les monges al govern i a la reina després del 1845. Després de vagar per diferents indrets, el 1855 decidiren de construir un petit edifici al costat de l’església. Elles continuaren pressionant, i per això el 1869 hom les volgué fusionar amb les jerònimes; cansades de tanta interinitat i per haver emprès el govern la destrucció de l’antic convent (1873), decidiren de vendre'n els solars (1876) i adquirir el de l’actual monestir del carrer d’Anglí de Sarrià, on, sota la direcció de l’arquitecte Antoni Robert, fou construït entre el 1877 i 1879 l’actual monestir, de línies neoromàniques. La comunitat s’hi instal·là definitivament (1879) amb l’antic arxiu i el que pogueren salvar del tresor i del patrimoni. Després del 1936 l’església del carrer d’Anglí fou restaurada i consagrada el 1945, amb motiu del mil·lenari de la fundació del monestir. Actualment, la comunitat és de seixanta monges, i des del 1974 té una petita casa filial al santuari de Puiggraciós, al Figueró (Vallès Oriental).
Abaciologi de Sant Pere de les Puelles
| Adelaida Bonafilla (I) | 945-949 |
| Eliarda | 950- ? |
| Eilmera | 972- ? |
| (Ermetruit o Madrui | ? -985)? |
| Adelaida (II) | 986-994 |
| Ermil·la | 995-? |
| Teodolinsa | 1009-? |
| (Teolenda | 1031-?)? |
| Adaleda | 1059-1066 |
| Eliarda | 1066-1079 |
| Adaleda | 1082 |
| Elisenda | 1090-1101 |
| Adaleda | ?-1108 |
| Beatriu | ?-1125 |
| València | ?-1137 |
| Guisla de Llobregat | 1144-1153 |
| Ermessenda | 1154-1160 |
| València | 1160-1180 |
| Elisenda de Rocafort | 1180-1224 |
| Guillema de Vilagranada | 1126-1146 |
| Ermessenda de Pacs | 1246-1264 |
| Guillema de Queralt | 1293-1295 |
| Geralda de Cervelló | 1295-1310 |
| Saura de Torerelles | 310-1321 |
| Saura de Castellar | 1322-1328 |
| Arsenda de Bellveí | 1330-1338 |
| Alamanda de Bianya | 1338-1344 |
| Saura de Copons | 1344-1348 |
| Guillema de Bell-lloc | 1348-1350 |
| Alamanda de Vic | 1353-1360 |
| Saura de Rubí | 1360 |
| Guillema de Cornellà | 1360-1368 |
| Agnès de Miravalls | 1368-1372 |
| Blanca de Llorac | 1372-1384 |
| Esclaramunda de Peguera | 1384-1392 |
| Violant de Bellveí | 1392-1406 |
| Constança de Corbera | 1406-1421 |
| Agnès de Corbera | 1421-1430 |
| Elionor de Corbera | 1430-1437 |
| Elionor de Bellveí | 1437-1448 |
| Elisabet Ermengol | 1448-1468 |
| Aldonça de Sentmenta | 1468-1490 |
| Constantça de Peguera | 1490-1504 |
| Elisabet d’Ivorra | 1504-1510 |
| Aldonça de Palau | 1515-1517 |
| Elisabet Desbosc | 1517-1521 |
| Brígida Sapila | 1521-1538 |
| Joana de Mont-rodon | 1539-1539 |
| Joana de Palau | 1539-1526 |
| Anna Desbosc | 1562-1576 |
| Brígida de Millars | 1576-1581 |
| Elisabet de Palmerola | 1581-1583 |
| Violant d’Espés | 1583-1586 |
| Elisabet de Villalba | 1586-1589 |
| Magdalena d’Oluja | 1589-1607 |
| Elisabet d’Oliver | 1607-1617 |
| Elisabet de Cartellà | 1617-1631 |
| Francesca d’Aonés | 1631-1649 |
| Victòria d’Esquerrer | 1649-1660 |
| Maria de Copons i de Tamarit | 1660-1684 |
| Maria Àgueda de Castells | 1684-1686 |
| Maria de Miquel i de Ferrer | 1686-1693 |
| Agnès d’Esquerrer i d’Olzinelles | 1693-1715 |
| Teresa de Montoliu i de Ribes | 1715-1743 |
| Maria Agustina de Vega i de Copons d’Oluja | 1743-1753 |
| Maria Teresa de Sanç i de Montorodon | 1753-1781 |
| Maria Antònia de Magarola i de Clariana | 1781-1786 |
| Maria Josefa de Magarola i de Clariana | 1786 |
| Maria Francesca de Sanç i de Sala | 1786-1799 |
| Maria Teresa de Montoliu i d’Erill | 1799-1817 |
| Maria Josepa de Vega i de Sentmenat | 1817-1832 |
| Maria Ignàsia Desvalls i de Ribes | 1832-1837 |
| Amàlia de Tini i de Vahls | 1850-1886 |
| Assumpta de Torres i d’España | 1886-1906 |
| Maria Mercè Robert i Sola | 1906-1922 |
| Assumpta Carmona i Martínez | 1923-1961 |
| Núria Pujol i Tort, priora administradora | 1960-1963 |
| Clara Palomares i Ferrer | 1963-1979 |
| Maria Lurdes Solé i Camañes | 1979-1999 |
| Gertrudis Nin i Barbany | 2000-2011 |
| Esperança Atarés i Solans | 2011-actualitat |