En les eleccions del 1986 i el 1990 esdevingué la quarta força dels parlaments autonòmics del País Basc i Navarra amb 13 i 9 escons, i 4 i 3 escons, respectivament, però la seva presència es reduí posteriorment a 8 (1994) i a 6 (1998) diputats al País Basc i a 2 (1995) i 2 (1999) escons a Navarra. En les eleccions al Parlament Europeu del 1987 i el 1989 aconseguí un diputat per la coalició Europa dels Pobles, integrada dins del grup nacionalista i ecologista Arc Iris, escó perdut el 1994 però recuperat el 1999.
El 1998 entrà al govern de Juan José Ibarretxe i ocupà tres conselleries del govern basc. El 1999 Begoña Errazti substituí Carlos Garaikoetxea a la secretaria general. En les eleccions generals del 2000 aconseguí un diputat. Al maig del 2001, en coalició amb el PNB, obtingué 8 escons i s’incorporà en el nou govern basc. Tant en les eleccions municipals com en els comicis al Parlament basc (maig del 2001 i del 2003) continuà mantenint la coalició amb el PNB que s’havia consolidat en el govern tripartit del lehendakari Juan José Ibarretxe. En les generals del 2004 obtingué el 6,5% dels vots a Euskadi i un representant al Congrés, i alhora formà part de la candidatura Nafarroa Bai, que es presentà per Navarra. En les basques del juny del 2005, que significaren la retirada política de Carlos Garaikoetxea, obtingué 29 escons conjuntament amb el PNB, amb el 38,6% dels vots. El 2005 concorregué a les europees dins la candidatura Europa dels Pobles juntament amb ERC.
El 2007, Unai Ziarreta substituí Errazti a la secretaria general. Novament separat del PNB, en les eleccions al parlament basc del març del 2009 EA obtingué un diputat. Després d’aquest resultat, Ziarreta presentà la dimissió de la presidència i, al juny el substituí en el càrrec Pello Urizar. El juny del 2010 signà amb Batasuna un document per a constituir una nova força política independentista que es valdria únicament de mitjans pacífics.
Des del 2011, Eusko Alkartasuna ha actuat principalment integrada en l’espai de l’esquerra abertzale articulat primer entorn de Bildu i Amaiur i, des del 2012, d’EH Bildu. A les eleccions al Parlament basc, EH Bildu obtingué 21 escons el 2012, 18 el 2016, 21 el 2020 i 27 el 2024, any en què empatà en escons amb el PNB. A Navarra, l’espai passà dels 7 escons de Bildu el 2011 als 8 d’EH Bildu el 2015 i el 2019, i als 9 el 2023. En les eleccions generals espanyoles, Amaiur aconseguí 7 diputats el 2011; posteriorment EH Bildu n’obtingué 2 el 2015 i el 2016, 4 en les generals d’abril del 2019, 5 en les de novembre del mateix any i 6 el 2023. A les eleccions europees, les coalicions en què s’integrà EH Bildu —Los Pueblos Deciden el 2014 i Ahora Repúblicas el 2019 i el 2024— obtingueren, respectivament, un escó en la primera convocatòria i tres en cadascuna de les dues següents.
Internament, després de Pello Urizar, que dirigí el partit entre el 2009 i el 2019, Eba Blanco assumí la secretaria general. La nova etapa ha estat marcada per tensions internes sobre el paper d’EA dins EH Bildu i per litigis entorn del procés de primàries del 2019.