En les eleccions del 1986 i el 1990 esdevingué la quarta força dels parlaments autonòmics del País Basc i Navarra amb 13 i 9 escons, i 4 i 3 escons, respectivament, però la seva presència es reduí posteriorment a 8 (1994) i a 6 (1998) diputats al País Basc i a 2 (1995) i 2 (1999) escons a Navarra. En les eleccions al Parlament Europeu del 1987 i el 1989 aconseguí un diputat per la coalició Europa dels Pobles, integrada dins del grup nacionalista i ecologista Arc Iris, escó perdut el 1994 però recuperat el 1999. El 1998 entrà al govern de Juan José Ibarretxe i ocupà tres conselleries del govern basc. El 1999 Begoña Errazti substituí Carlos Garaikoetxea a la secretaria general. En les eleccions generals del 2000 aconseguí un diputat. Al maig del 2001, en coalició amb el PNB, obtingué 8 escons i s’incorporà en el nou govern basc. Tant en les eleccions municipals com en els comicis al Parlament basc (maig del 2001 i del 2003) continuà mantenint la coalició amb el PNB que s’havia consolidat en el govern tripartit del lehendakari Juan José Ibarretxe. En les generals del 2004 obtingué el 6,5% dels vots a Euskadi i un representant al Congrés, i alhora formà part de la candidatura Nafarroa Bai, que es presentà per Navarra. L’any següent concorregué a les europees dins la candidatura Europa dels Pobles juntament amb ERC. En les basques del juny del 2005, que significaren la retirada política de Carlos Garaikoetxea, obtingué 29 escons conjuntament amb el PNB, amb el 38,6% dels vots. El 2007, Unai Ziarreta substituí Errazti a la secretaria general. Novament separat del PNB, en les eleccions al parlament basc del març del 2009 EA obtingué un diputat. Després d’aquest resultat, Ziarreta presentà la dimissió de la presidència i, al juny el substituí en el càrrec Pello Urizar. El juny del 2010 signà amb Batasuna un document per a constituir una nova força política independentista que es valdria únicament de mitjans pacífics. El 2011 fou una de les formacions polítiques que s’integrà en les coalicions Bildu, que es presentà a les eleccions municipals i a les eleccions al Parlament navarrès, i Amaiur, formació que a les eleccions generals espanyoles del novembre del 2011 aconseguí 7 diputats i 3 senadors.