Liderada per Arnaldo Otegi Mondragón, fou successora d’Euskal Herritarrok que, al seu torn, ho fou de Herri Batasuna (des de l’octubre del 1998). Batasuna no incorporà, però, el corrent crític i antietarra (Aralar) de les dues organitzacions anteriors. Acusada d’associació amb ETA i d’organitzar la violència al carrer, el Congrés de Diputats n’aprovà la il·legalització, l’agost del 2002, amb els vots del PP i del PSOE i el mes següent fou suspesa al parlament de Navarra. El Tribunal Suprem dictà la dissolució del seu grup parlamentari al parlament basc, Sozialista Abertzaleak, el març del 2003, bé que la mesa de la cambra es negà a executar la sentència. Aquesta negativa i la creació d’una candidatura alternativa (Autodeterminaziorako Bilgunea; Aub) per a concórrer a les eleccions municipals del maig del 2003 augmentà la tensió amb el govern espanyol. Aquest més, el govern dels EUA inclogué oficialment Batasuna entre les organitzacions terroristes, i pel juny ho feu la Unió Europea.
El 2005, impossibilitada de concórrer a les eleccions al parlament basc en la formació alternativa Aukera Guztiak (que fou anul·lada), Batasuna demanà el vot per a una nova formació, el Partit Comunista de les Terres Basques (EHAK), que obtingué nou escons. Aquesta formació, però, fou il·legalitzada al setembre del 2008 pel Tribunal Suprem, el qual estengué la prohibició a tots els partits que els tribunals dictaminessin que estaven instrumentatlitzades per ETA. Posteriorment foren il·legalitzades, entre moltes altres, Acció Nacionalista Basca i D3M, plataforma electoral creada arran de les eleccions al parlament basc del març del 2009. Al juny d’aquest any el Tribunal Europeu dels Drets Humans d’Estrasburg dictà una sentència en contra del recurs presentat per Batasuna, i que corroborava la il·legalització dels tribunals espanyols. L’ofensiva contra Batasuna i organitzacions afins comportà també la detenció i l’empresonament d’un gran nombre de membres i, especialment, dirigents, entre els quals Otegi (des de l’octubre de 2009, ininterrompudament). El juny del 2010 signà amb Eusko Alkartasuna un document per a constituir una nova força política independentista que es comprometia a emprar únicament de mitjans pacífics, acord que fou considerat com el distanciament d’ETA més clar fins aleshores.
Paral·lelament a l'assetjament judicial de Batasuna i al progressiu afebliment d'ETA des del 2011, que aquesta organització anuncià l'abandonament incondicional de la lluita armada, emergiren noves forces de l'esquerra independentista basca com Sortu, Bildu o Amaiur. A diferència de Batasuna, renunciaven a la violència i condemnaven explícitament els atemptats d'ETA. Els bons resultats electorals d'aquestes formacions, que recolliren gran part dels antics votants de Batasuna, convertiren la formació en residual.
A l'Estat francès, on era legal, Batasuna formà part al juny del 2012 de la candidatura Euskal Herria Bai (EHBAI) per a les eleccions legislatives franceses, en les quals reivindicà una autonomia pròpia per al País Basc a l'Estat francès. Al gener del 2013, però, dos dirigents de la formació anunciaren a Baiona la dissolució de Batasuna, i emplaçaven el seus militants i simpatitzants a construir un nou instrument per la via política per a la creació d'una Euskal Herria independent.