En el context de la reculada alemanya en el front de l’Est, Skorzeny fou nomenat cap de comandos amb la missió d’executar operacions de guerra no convencionals. És conegut especialment per l’audaç operació del 1943 en què, per ordre de Hitler, rescatà Mussolini, que romania arrestat pel Govern italià en un hotel dels Apenins. També féu una temptativa de captura del mariscal Josip Broz, Tito. Absolt de crims de guerra en els judicis de Nüremberg, fou reclòs a un camp de desnazificació del qual s’evadí el 1948. Es refugià a països permissius amb els nazis pròfugs, entre ells l’Espanya franquista (residint a Madrid i a l’Alcúdia), des d’on es creu que coordinà una xarxa internacional de recolzament dels fugitius nazis. El seu arxiu personal, subhastat l’any 2011, revelà els seus esforços per reclutar des d’Espanya una legió mundial anticomunista.