Vetlla per l’aplicació dels tractats i les directrius dins del marc establert pel Consell Europeu, el Consell de la Unió Europea i el Parlament Europeu. Pot també formular propostes legislatives (“dret d’iniciativa”) en casos en què es consideri no aplicable el principi de subsidiarietat. Altres funcions són les assignacions i la supervisió del pressupost, la supervisió de l’aplicació de la legislació comunitària i la representació internacional.
És encapçalada pel president de la Comissió, el qual fins el 2014 era proposat pel Consell Europeu (els caps d’estat i de govern dels estats membres) i posteriorment ratificat pel Parlament Europeu. A partir d’aquest any s’invertiren els termes, i el president de la Comissió fou elegit d’entre candidats dels diversos grups pels eurodiputats, i posteriorment confirmat pel Consell Europeu. Inclou també un nombre de comissaris designats pels estats membres, entre els quals el president designa diversos vicepresidents. La durada de cada comissió és de cinc anys i tots els estats hi han de ser representats. Consegüentment, el nombre de comissaris i, dins d’aquests, el de vicepresidents, ha anat variant d’acord amb les successives ampliacions de la Unió Europea a partir dels nou inicials (tres dels quals eren vicepresidents) en el moment de la fundació de l’organisme fins als vint-i-vuit en 2009-14 (cinc dels quals eren vicepresidents).
Han presidit la Comissió, successivament, l’alemany Walter Hallstein (1965-67), el belga Jean Rey (1967-70), l’italià Franco Maria Malfatti (1970-72), el neerlandès Sicco Mansholt (1972-73), el francès François-Xavier Ortoli (1973-77), el britànic Roy Jenkins (1977-81), el luxemburguès Gaston Thorn (1981-85), el francès Jacques Delors (el primer a repetir mandat: 1985-95), el luxemburguès Jacques Santer (1995-99), l’italià Romano Prodi (1999-2004), el portuguès José Manuel Durão Barroso (2004-09 i 2009-14) i Jean Claude Juncker (2014-19). El juliol del 2019 el Parlament Europeu elegí l’alemanya Ursula von der Leyen per a substituir Juncker en el càrrec a partir del novembre.