Hi col·laboraren també membres de la judicatura i mitjans de comunicació privats. El cas no es conegué fins el 2016, que fou difós pel diari Público, el qual, d’ençà del 22 de juny, publicà diverses converses entre l’aleshores ministre de l’Interior, Jorge Fernández Díaz, i el cap de l’Oficina Antifrau de Catalunya, Daniel de Alfonso, que tingueren lloc un mes abans de la celebració de la Consulta del 9 de novembre de 2014. De les converses, enregistrades clandestinament i filtrades per una font anònima, es desprenia el propòsit d’incriminar per corrupció polítics independentistes, si calia sense proves o amb proves falses que s’havien de fer públiques. Segons moltes interpretacions, l’operació Catalunya arrenca amb el fracàs de les negociacions del 2012 sobre el pacte fiscal entre el president del govern espanyol Mariano Rajoy i l’aleshores president de la Generalitat de Catalunya, Artur Mas, que propicià l’adopció d’aquest de l’agenda independentista.
L’operació Catalunya hauria anat a càrrec d’una brigada especial de la policia, creada aquell any i impulsada des del Ministeri de l’Interior. El seu primer objectiu hauria estat els negocis de membres de la família de l’expresident català Jordi Pujol, acusats d’evasió i frau fiscals. Amb aquest propòsit s’aprofità una confusa operació d’espionatge parapolític anterior (“l’afer La Camarga”). Però l’actuació de més ressò de l’entramat fou un informe aparegut en el diari El Mundo poc abans de les eleccions al Parlament de Catalunya del novembre del 2012 sobre una suposada evasió fiscal del president Mas. L’informe, que es demostrà fals, hauria estat elaborat per la Unitat Central de Delinqüència Econòmica i Fiscal (UDEF). Igualment es provaren com a falsificacions les informacions sobre comptes corrents a Suïssa de l'alcalde de Barcelona Xavier Trias, publicades en el mateix diari poc abans del 9-N (2014).
El febrer del 2017 es constituïren al Parlament de Catalunya i al Congrés dels Diputats sengles comissions d’investigació sobre l’operació Catalunya, en les quals comparegueren presumptes participants, testimonis, inductors o agents, part dels quals no es personaren: al Parlament de Catalunya per voluntat pròpia, al Congrés de Diputats perquè foren vetats pel Partido Popular o pel PSOE. El juliol del 2017, aquests dos partits acordaren donar per finalitzada la Comissió al Congrés, sense que haguessin comparegut alguns dels suposats màxims responsables, entre els quals hi havia el comissari José Manuel Villarejo i Jorge Moragas, cap de gabinet del president del govern de Mariano Rajoy. Les conclusions, amb el vot en contra del PP i a favor de la resta de grups, constataren l’existència d’una policia “politicopatriòtica” a les ordres de l’exministre J. Fernández Díaz dissenyada per a atacar rivals polítics, específicament els independentistes catalans (i també Podemos), a través d'informes falsos i de difamacions. Així mateix, es constatà la connivència entre l'aleshores ministre i el director de l'Oficina Antifrau per influir en la situació política catalana. La majoria formada pel PP, el PSOE, el PNB i Ciutadans rebutjà portar les conclusions a la fiscalia, negativa que s’afegí a la del Tribunal Suprem d’investigar el contingut de les filtracions (octubre del 2016).