Era el fill gran de Johann Pachelbel, de qui rebé les primeres lliçons de composició i d’interpretació al teclat. Començà la seva carrera organística a Fürth. Més tard tornà a Erfurt i el 1706 es traslladà a Nuremberg, on ocupà la plaça d’organista a la Jakobikirche. El 1717 fou nomenat organista a la Sebalduskirche de Nuremberg, càrrec que exercí fins a la seva mort. Es conserven poques obres de la seva producció musical i totes elles són exclusivament per a instruments de tecla. Les seves variacions sobre el coral O Lamm Gottes unschuldig ('O anyell innocent de Déu') reflecteixen la influència directa de la música del seu pare. En canvi, en la Fantasia super ’Meine Seele, lass es gehen' ('Fantasia sobre "Partim, ànima meva"') és més perceptible la influència de l’estil d’improvisació de D. Buxtehude. En el preludi, fuga i fantasia de Musicalisches Vergnügen ('Plaer musical', 1725?) ja havia creat un estil propi, diferent, fins i tot, del de J.S. Bach.