Fou el tercer fill d’Armand-Louis Couperin i Elisabeth-Antoinette Blanchet, dels quals obtingué tota la seva formació musical. Seguint la tradició familiar, fou organista a diversos centres parisencs, com ara la Sainte Chapelle i les esglésies de Saint-Gervais, Saint Jean i Sainte Marguerite. També substituí el seu pare a Notre-Dame. El 1792 esposà la cantant Hélène-Narcisse Frey, deixebla seva. Arran de la reobertura de l’òpera el 1793, interpretà aires patriòtics amb un petit orgue, i després de la revolució compartí, des del 1810, les funcions d’organista de l’església de Saint Merry amb el seu antic titular, Joseph Pouteau. Compongué, entre altres obres, sonates i variacions.