Entre el 1942 i el 1948 estudià al Conservatori de Praga, tasca que simultaniejà amb la seva formació a l’Acadèmia de les Arts de la mateixa ciutat (1946-50). Estudià flauta i direcció d’orquestra i durant la Segona Guerra Mundial fou flautista de l’Orquestra de la Gewandhaus de Leipzig. El 1948 debutà com a director i tres anys més tard fundà el conjunt Ars Rediviva de Praga, especialitzat en el repertori clàssic i barroc. Munclinger combinà la seva tasca de director i la de flautista com a membre integrant del Quintet de Vent de Praga. Especialitzat en la recuperació d’autors poc coneguts, fou un dels màxims impulsors de la revisió de l’obra de compositors bohemis del segle XVIII. La seva activitat com a intèrpret es veié complementada amb la tasca docent a l’Acadèmia de Música de Praga.