Apareix documentat per primer cop com a membre de la capella musical aragonesa de Ferran el Catòlic cap al 1500. El 1527 formava part de la capella de l’emperador Carles V. Obtingué diversos benifets, entre els quals el d’abat nominal del monestir cistercenc de Sant Bernat, a València. Acompanyà Carles V en els seus viatges del 1541 a Àustria i Flandes. També serví, cap al 1533, com a mestre de capella a la cort dels ducs de Calàbria, Ferran d’Aragó i Germana de Foix. Quan el 1544 el monestir de Sant Bernat passà a dependre de l’orde dels jerònims, Pastrana mantingué el seu càrrec d’abat. L’any 1547 començà a ocupar el càrrec de mestre de capella de Felip II -llavors regent de Castella i de Catalunya-Aragó-, al costat de músics prestigiosos com A. de Cabezón o L. de Narváez. Mai, però, no deixà de servir Carles V, simultaniejant tots dos càrrecs i els seus emoluments. Escriví molta música religiosa en llatí -una missa a sis veus, tres magníficats, diversos motets i arranjaments polifònics de salms- i també en romanç, especialment villancicos. Així mateix se li coneixen alguns villancicos profans.