El 1635 apareix com a violinista de la capella reial de Madrid, juntament amb el seu germà, i posteriorment fou organista i professor de música del rei. La seva aportació més important és el Libro de misas de facistol, que conté sis misses i sis cànons enigmàtics d’un virtuosisme contrapuntístic molt elaborat i poc freqüent. Les seves obres mereixeren l’atenció de diversos compositors, que feren referència a les seves aportacions. És el cas de Francesc Valls, en el tractat Mapa armónico práctico ("No aconsejaré se sigan estas travesuras, ni las que se siguen de D. Juan del Vado; puse estos exemplares, para que se viesse que no fue autor de calzas ataladas "), i Juan Francisco de Sayas en el tractat Música Canónica Motética y Sagrada, que es refereix a la manera de compondre villancicos. De les seves obres cal esmentar les misses Ut re mi fa sol, a cinc veus, Ave Maris Stella, a cinc veus, Pange lingua, a sis veus, In exitu Israel de Aegipto, a cinc veus, Que razón podéis tener para no me querer, a cinc veus, i El Laberinto, a sis veus; sis cànons enigmàtics, Tonadillas y Letrillas, villancicos, peces per a orgue, motets, tonos humanos, etc.