Visqué successivament a Metz, Nancy i Perpinyà, fins que l’any 1722 s’instal·là definitivament a París. Entre el 1724 i el 1747 arribà a publicar 102 composicions dins una gran varietat de gèneres i combinacions vocals i instrumentals. Conreà tot tipus de formes musicals, però ha rebut un especial reconeixement com a compositor de música de cambra. Fou el primer compositor francès que adoptà el terme italià concerto, a l’opus 15 (VI concertos pour 5 flûtes sans basse), publicat l’any 1727. També fou el primer a escriure composicions per a flauta i orgue amb la part del baix continu totalment desenvolupada. Exercí una notable influència en el repertori per a flauta sobre alguns compositors francesos, i contribuí a popularitzar els gèneres del concert i la sonata. Compongué una sèrie de motets, entre els quals destaca Fugit nox, que esdevingué famós a partir del moment en què formà part del repertori de tonades populars que Boismortier interpretava al Concert Spirituel. La contribució més destacada del compositor a la música teatral és l’òpera Daphnis et Chloé (1747). Boismortier fou també autor del mètode per a flauta Principes de flûte, opus 90, actualment perdut. Els trets més destacats de la seva música són el caràcter popular de les seves melodies i l’elegància i la simplicitat de la seva escriptura.