El 1638 era organista a l’església de Santa Maria de Crocichieri, a Venècia. El 1640 competí amb Giacomo Arrigoni, Pietro Francesco Cavalli i Natale Monferrato pel carrèc de segon organista a Sant Marc de Venècia. Perdé el lloc en favor de Cavalli, però continuà residint a Venècia, on estrenà la seva única òpera coneguda, Sidonio e Dorisbe, el 1642. Es traslladà a Verona i el 1645 succeí Simone Zavaglioli com a mestre de cor de la catedral. Hi ha indicis que el 1647 entrà al servei del duc de Màntua. Escriví els seus dos primers llibres Delle bizzarrie poetiche a 1, 2, 3 voci per a la cantant Barbara Strozzi, filla del cèlebre llibretista Giulio Strozzi, el qual col·laborà amb molts dels textos d’aquests reculls de Fontei. Algunes de les àries del primer llibre, amb ritornello per a un o dos instruments, mostren un estil melòdic encara poc elaborat. Posteriorment anà madurant el seu concepte de la melodia fins arribar a dominar l’ària belcantista ternària pròpia de l’Escola Veneciana de mitjan segle XVII. Compongué també música religiosa, com ara lletanies, misses i salms, des d’una fins a vuit veus, amb acompanyament instrumental i baix continu.