Se sap poc de la seva primera joventut, però sembla que exercí d’organista en diverses esglésies de la regió de Cremona. Des del 1583 estigué actiu a la capella musical de la família dels Gonzaga a Màntua i a partir del 1596, arran de la mort de Jacques de Wert, exercí el càrrec de mestre de capella de la cort ducal. A la seva mort, la plaça fou ocupada per Claudio Monteverdi. Tot i que també publicà algunes composicions sacres, destacà com a compositor de madrigals, que foren molt difosos i gaudiren d’una molt bona acollida. Entre el 1579 i el 1612 se n’editaren no menys de vuit llibres, de la major part dels quals es feren diverses edicions. De les obres religioses cal esmentar les misses, alguns motets policorals i arranjaments polifònics de salms. Part de la seva producció fou editada pòstumament pel seu fill. La música de B. Pallavicino fou lloada per alguns contemporanis, com ara el teòric G.M. Artusi o el compositor A. Banchieri.