Estudià al col·legi dels jesuïtes de Breznice (1752-58), on, a més, serví com a cantant. A Praga, fou violinista al seminari jesuïta i hi estudià filosofia, teologia i dret. Exercí també de violinista a l’església de T?n, on aprengué contrapunt amb l’organista titular. El 1770 esdevingué primer violinista del teatre de la cort de Viena. Posteriorment fou nomenat director musical i ajudant de cambra del governador austríac -l’arxiduc Ferran d’Este- a la Llombardia. Retornà a Viena després de la invasió francesa de la Llombardia, el 1796, i quedà al servei de l’arxiduc fins a la seva mort. Home de gran cultura i d’interessos variats, Pichl és considerat un dels compositors europeus més importants de l’època. Escriví llibrets d’òpera -musicats per ell mateix-, redactà una història dels músics txecs a Itàlia -manuscrit destruït durant la invasió francesa- i feu la traducció txeca de La flauta màgica, de W.A. Mozart. Mantingué correspondència amb G.B. Martini i L. Cherubini, i fou membre de les acadèmies filharmòniques de Màntua i a Bolonya. Fou assessor musical del príncep d’Esterházy, i fins i tot algunes de les seves obres foren interpretades per J. Haydn al palau d’aquesta poderosa família hongaresa. La seva producció inclou unes 900 peces, la major part de les quals s’han conservat. És l’autor de nombroses simfonies, escrites entre el 1769 i el 1803, que coincideixen estilísticament amb les de Haydn i K.D. von Dittersdorf, i solen constar de tres o quatre moviments. Compongué també per a cambra: vint quintets, divuit quartets, quaranta-cinc trios de corda, dotze trios amb flauta, duets, peces per a violí sol i unes cent vuitanta obres per a altres agrupacions de cambra. Tant en la seva producció orquestral com en la de cambra, l’ús de la forma sonata -com passa en Haydn- mostra el contrast entre els temes principals, enèrgics i vius, i els secundaris, melòdics i emotius. Els desenvolupaments són elaborats. L’últim període compositiu fou especialment productiu pel que fa a obres vocals -més de cent obres sacres, incloent-t’hi trenta misses- i peces per a violí sol (Cento variazioni, opus 11). Aquestes darreres són considerades encara d’un alt valor pedagògic. La seva obra escènica -algunes opere buffe, un ballet i un singspiel - s’ha perdut.