Mentre fou colònia espanyola (1526-1822), la música conreada pels estaments dominants del Perú fou únicament i exclusiva de tradició europea i impermeable a la influència autòctona, si s’exceptuen alguns textos en quítxua, com ara l’obra religiosa polifònica intitulada Hanacpachap (1631). La vida cultural estigué en general dominada per l’Església, que concebé la música com un instrument d’evangelització. A Cuzco, la catedral i el seminari de San Antonio Abad (1598) posseïen la principal col·lecció de manuscrits musicals, i s’hi formà una notable escola de música polifònica. A la ciutat fou mestre de capella un quant temps Gutierre Fernández Hidalgo, i al convent de San Francisco es conserva el manuscrit anomenat Dezuola que conté composicions polifòniques, la majoria anònimes. A Lima, seu del virregnat del Perú, l’aportació musical fou més rellevant, especialment gràcies a la catedral, que atragué un gran nombre d’instrumentistes, cantants i mestres de capella. D’aquests darrers cal esmentar Tomás de Torrejón y Velasco, en el càrrec en 1676-1728, el qual compongué La púrpura de la rosa (1710), primera òpera llatinoamericana. El seu successor, l’italià Roque Ceruti, fou l’introductor del bel canto. L’organista de la catedral, i successor de Ceruti a partir del 1762, José de Orejón y Aparicio, fou el primer compositor d’origen peruà. De la seva producció exclusivament religiosa cal esmentar una Misa de Viernes Santo i l’original cantata Mariposa de sus rayos.
Durant la major part del segle XIX, la inestabilitat derivada de les lluites els anys previs i posteriors a la independència (1824) feu que la vida musical perdés la brillantor dels segles precedents. Tot i això, tingué lloc una creixent secularització de la vida musical i un cert influx del Romanticisme, com mostren les obres de José Bernardo Alzedo. Entre el final del segle XIX i el principi del XX el nacionalisme musical peruà se significà especialment amb l’aportació de la música ameríndia, que compositors molt sovint d’origen europeu fongueren amb la tradició acadèmica importada. Obres com l’òpera Atahualpa (1875), de l’italià Carlo Enrico Pasta, Un 28 de julio en Lima. Rapsodia peruana, de Claudio Rebagliati, i, en general, les obres de José María Valle Riestra, Luis Duncker Lavalle, Teodoro Valcárcel i altres compositors traspuen un nacionalisme prou evident. Els anys vint i trenta del segle XX, la tasca pedagògica d’Andrés Sas i Rudolf Holzmann, ambdós d’origen europeu, contribuí a elevar substancialment el nivell tècnic dels autors peruans. El primer es concentrà sobretot en l’etnomusicologia, mentre que el segon donà a conèixer l’avantguarda europea. Les generacions de compositors peruans sorgits d’aquest doble mestratge (Enrique Iturriaga, Enrique Pinilla, Celso Garrido-Lecca, César Bolaños, Edgar Valcárcel i altres) mostren una gran diversitat de tendències i estils, que van del nacionalisme a l’avantguarda, passant pel neoclassicisme.