L’església de la vila de Bellver és esmentada per primera vegada l’any 1271, en què Galceran IV de Pinós vengué, durant dos anys, a P. de Riba de Puigcerdà per 3 375 sous de Barcelona, tots els rèdits, les justícies i altres drets que rebia en els termes dels castells de Bellver i de Prats, i en la batllia de Bolvir, excepte els redelmes del temple i de la batllia de Bellver. La vila de Bellver havia estat fundada per Nunó Sanç, senyor de Rosselló i Cerdanya, el 1225. L’església de Bellver depengué en un primer moment de la no gaire llunyana de Santa Maria de Talló, esdevinguda canònica, que gaudia d’una posició administrativa preponderant a la zona, tal com ja es recull en l’acta de consagració de Santa Maria de la Seu. A partir del segle XVI la parròquia de Bellver aconseguí la preeminència sobre la de Talló fins al punt que els canonges de Talló es traslladaren a l’església de Bellver. En l’actualitat, la parròquia de Bellver és cap de l’arxiprestat de la Batllia i el Baridà, dins el bisbat d’Urgell.
L’església actual, d’estil gòtic, potser és la mateixa esmentada el 1271. Conservava la coberta de fusta original sobre arcs diafragmes abans d’un incendi que afectà l’església el 1897. Fa pocs anys aquesta coberta li fou restituïda.