Fill de Manuel de Bofarull i de Sartorio. Inicià estudis de filosofia i lletres a la Universitat de Barcelona, on es llicencià en dret (1870), seguí els cursos de l’escola superior de diplomàtica, i feu estudis específics d’arxivística. Succeí el seu pare en la direcció de l’Arxiu de la Corona d’Aragó (1893-1911). Fou membre de l’Acadèmia de Bones Lletres de Barcelona (1883) i corresponent de l’Academia de la Historia de Madrid.
Feu estudis sobre la fabricació del paper, especialment a Xàtiva i a València, durant l’edat mitjana, i d’altres com La heráldica en la filigrana del papel (1901) i Los animales en las marcas del papel (1910). Col·laborà a l’Exposició Universal de París (1900) amb diversos treballs relacionats amb la fabricació del paper.
Intervingué en la publicació del darrer volum de la Colección de Documentos Inéditos del Archivo General de la Corona de Aragón (1910), descobrí i publicà el testament de Ramon Llull (El testamento de Ramón Llull y la escuela luliana en Barcelona, 1896) i publicà, entre altres estudis i recopilacions de documents, Bibliología (1890), Felipe de Malla y el concilio de Constanza (1882) i Antigua marina catalana (1898).