Doctorat en Ecologia Evolutiva per la Universitat de Barcelona (1988), féu estudis postdoctorals en Genòmica Computacional amb el Dr. Temple F. Smith a les universitats de Harvard i Boston i amb el Dr. James W. Fickett al Laboratori Nacional Los Alamos, a Nou Mèxic (EUA). El 1994 s’incorporà a l'Institut Municipal d'Investigació Mèdica (IMIM) de Barcelona. Coordina el programa de Bioinformàtica i Genòmica al Centre de Regulació Genòmica (CRG) i és professor de Bioinformàtica de la Universitat Pompeu Fabra de Barcelona.

Els seus principals interessos de recerca són la comprensió i modelització de la producció regulada d'ARN en cèl·lules eucariotes. Ha participat en el projecte del genoma humà, així com en molts altres projectes genòmics i funcionals de genòmica, com ara ENCODE, GTEx i BluePrint.