És dividit en tres seccions principals: la corresponent a la Cámara de Comptos, en la qual, a més de documentació econòmica, hi ha l’antic arxiu reial des del s XII; l’arxiu del regne, amb la documentació de les corts i les seccions importants de la dominació francesa i de les guerres carlines, i l’arxiu del consell reial. La documentació monàstica més antiga correspon a Sant Joan de la Penya, Siresa, Leire, Albelda i San Millán de la Cogolla.