Amb la incorporació del Regne de Nàpols (1504), els seus afers romangueren vinculats també al Consell, fins que el 1555 fou creat el Consell d’Itàlia. A més dels membres del Consell hi havia un advocat fiscal i quatre secretaris (un per Aragó, un per València, un pel Principat i un per Mallorca i Sardenya). El secretari aragonès, considerat com a secretari primer, malgrat les protestes dels altres, prenia el títol de protonotari, i assistia al Consell, però sense vot. El Consell radicava a la cort.
Des del començament del segle XVII esdevingué el centre d’on partien les directrius polítiques de la monarquia vers els regnes de la corona catalanoaragonesa. A partir del 1622, a la mort del vicecanceller Andreu Roig, hom confià la direcció del Consell (1622-46, 1677-90, 1692-1707), en govern i no en propietat, a lletrats i, després, a nobles, que n'eren anomenats presidents. Durant la guerra de Successió hi hagué dos consells d’Aragó; el filipista fou dissolt el 1707, tot atribuint al Consell d’Itàlia els afers de Sardenya; i el de l’emperador Carles VI perdurà fins el 1729 amb el nom de Consell d’Espanya.