Creada el 1782, segregada de la diòcesi de Tarragona, depengué d’aquesta província eclesiàstica, fins que passà a la de València el 1851. Els primers bisbes, Manuel Abab y Lasierra, Eustaquio de Azara i Climent Llocer dugueren a terme la divisió de les dues illes en parròquies, la construcció de noves esglésies, reformes a la catedral, creació del seminari, etc, i exerciren una important activitat en els camps social i econòmic. El concordat del 1851 suprimia el bisbat i l’agregava al de Mallorca. L’agregació, tanmateix, no es féu efectiva, i la diòcesi fou regida per vicaris capitulars, com a seu vacant, i el seminari continuà. El 1927 hom restablí la seu, amb caràcter d’administració apostòlica, i el 1950 fou restaurat el bisbat titular d’Eivissa: Antoni Cardona, que tant hi influí, passà tot seguit d’administrador apostòlic a bisbe d’Eivissa. El 1960 en fou nomenat bisbe Francesc Planas i Muntaner, nascut a Palma (Mallorca), el qual el 1976 renuncià a la seu i fou substituït per Josep Gea i Escolano, natural del Real de Gandia (la Safor) i bisbe auxiliar de València. El 1987 aquest fou traslladat al bisbat de Mondoñedo-Ferrol, i el 1988 Manuel Ureña i Pastor, natural d’Albaida (la Vall d’Albaida) fou nomenat bisbe d’Eivissa. Traslladat aquest, el 1991, a la nova diòcesi d’Alcalá de Henares, el 1992 fou designat per a la seu eivissenca Xavier Salinas i Viñals, natural de València. El 1998 prengué possessió de la diòcesi Agustín Cortés Soriano (València 1947), que succeí en el càrrec a Xavier Salinas i Viñals, traslladat a la seu de Tortosa. El Vaticà aprovà el 2005 el nomenament del religiós valencià Vicent Juan Segura com a nou bisbe d’Eivissa. Agustí Cortés es féu càrrec de la diòcesi de Sant Feliu de Llobregat.
Episcopologi d'Eivissa
| Manuel Abad y Lasierra | 1783-1787 | Estadella (Aragó) |
| Eustaquio de Azara y de Perera | 1788-1794 | Barbuñales (Aragó) |
| Climent Llocer | 1795-1804 | Ribes de Freser (Ripollès) |
| Blas Jacobo Beltrán | 1805-1815 | Luesma (Aragó) |
| Felipe González Abarca | 1816-1828 | Avilés (Astúries) |
| Basilio Antonio Carrasco Hernando | 1831-1852 | Durón (Castella) |
| Salvi Huix i Miralpeix | 1927-1935 | Santa Margarida de Vallors (Selva) |
| Antoni Cardona i Riera | 1935-1960 | Eivissa |
| Francesc Planas i Muntaner | 1960-1976 | Palma |
| Josep Gea i Escolano | 1976-1988 | el Real de Gandia (Safor) |
| Manuel Ureña Pastor | 1988-1992 | València |
| Xavier Salinas Viñals | 1992-1998 | València |
| Agustí Cortés i Soriano | 1998-2005 | València |
| Vicent Juan i Segura | 2005- | València |