De família noble, estudià a París i a Bolonya, i fou creat cardenal diaca el 1190. D’aquest període daten algunes obres seves teològiques i ascètiques, sobretot un De contemptu Mundi. Elegit papa, la doctrina teocràtica de la supremacia absoluta del papat damunt l’ordre polític i el religiós configurà plenament la seva actuació. Intervingué en la formació del segon imperi búlgar i en coronà el tsar (Bulgària). Actuà contra Felip II de França pel repudi de la seva muller. Intervingué en la successió al tron imperial a la mort d’Enric VI (1197): féu costat a Otó de Brunsvic en contra de Felip de Suàbia i el coronà emperador (1209); l’any següent, però, l’excomunicà i prestà suport al fill d’Enric VI, Frederic II, de qui havia estat tutor. A Anglaterra, obtingué el vassallatge de Joan sense Terra, després d’haver-lo excomunicat i d’haver deslligat els seus súbdits del jurament de fidelitat. Predicà la quarta croada, la qual, però, contra la seva voluntat, fou desviada pels venecians contra Constantinoble, que fou presa el 1204 i hi fou instaurat l'imperi llatí de Constantinoble. Innocenci, tanmateix, aprofità aquests fets per a intentar una submissió de l’Església grega i instaurà un patriarca llatí a la capital bizantina. Combaté el catarisme amb l’anomenada croada albigesa, bé que en desaprovà els excessos. Per la qüestió albigesa Innocenci topà amb Pere I de Catalunya-Aragó, que havia intentat de fer cessar la croada, alhora que, malgrat l’oposició papal, prometia d’emparar els principals senyors occitans. Donà suport als ordes mendicants. Convocà el concili IV del Laterà (1215), que significà el triomf dels seus ideals i l’apogeu de la teocràcia papal.