S’especialitzà en les fases finals de la prehistòria, l’edat del ferro i el món protohistòric peninsular. Fill del naturalista Salvador Maluquer, nasqué en el si d’una família culta i intel·lectual, amb profundes arrels a les terres lleidatanes, i més concretament a Artesa de Segre, el seu lloc de referència obligada. Estudià filosofia i lletres a la Universitat de Barcelona (UB), entre els anys 1933 i 1937; la branca d’història, en concret del món antic, la compartí amb Salvador Espriu i Mercè Muntañola, sota el mestratge de Pere Bosch i Gimpera, de qui fou el darrer dels deixebles directes, i Lluís Pericot. Aquest darrer el feu prendre els camins de la prehistòria arran del contacte que es produí durant un creuer universitari per la Mediterrània (1933); des de llavors, l’amistat i el respecte entre ambdós personatges fou per a tota la vida. L’any 1940 s’incorporà com a docent a la Universitat de Barcelona, sota la dependència del nou catedràtic de prehistòria, Martín Almagro Basch, però sense perdre mai de vista el mestratge de Pericot. Col·laborà també en el Museu d’Arqueologia de Barcelona, que dirigia Almagro; amb Lluís Pericot treballà en la publicació de materials de Serinyà i en excavacions a Roses, Ullastret i en diversos megàlits (Las culturas hallstáticas en Cataluña, La cueva de Toralla, etc.).
El 1949 guanyà la càtedra de prehistòria de la Universitat de Salamanca, càrrec que ocupà fins el 1959. Durant aquest període es dedicà sobretot a la prehistòria de la Castella septentrional i de Navarra (Carta arqueológica de Salamanca, El poblado de Cerro Berrueco, El poblado hallstático de Cortes de Navarra i d’altres), i fundà la revista Zephyrus, encara avui una de les més prestigioses en el camp de la prehistòria peninsular. Tanmateix, les reestructuracions universitàries afavoriren el seu retorn a la Universitat de Barcelona l’any 1959, on ocupà una càtedra d’arqueologia, ja que la de prehistòria l’ocupava Ll. Pericot; quan aquest es jubilà (1969), passà a la de prehistòria fins a la seva jubilació el 1985. El 1986 fou nomenat professor emèrit de la Universitat de Barcelona.
El seu vessant com a investigador es concretà llavors en grans tasques d’excavacions: a Catalunya treballà a Ullastret, a Roses, a Tornabous i en diversos jaciments propers al curs baix de l’Ebre; a la resta de l’Estat actuà al poblat de l’edat del ferro de Cortes de Navarra i al santuari de Cancho Roano (Zalamea de la Serena, Badajoz), entre d’altres. Durant la segona meitat dels anys seixanta assumí un gran protagonisme acadèmic a la Facultat de Filosofia i Lletres de la UB, de la qual fou nomenat degà; des d’aquest càrrec afrontà el gran esclat universitari del moment. Fou l’inductor d’una agosarada reforma dels plans d’estudis de lletres —que passà a la història com el “Pla Maluquer”— en què la possibilitat de fer optatives les matèries permetia dissenyar, amb gran llibertat, els currículums dels estudiants d’acord amb els seus interessos prioritaris, defugint la gran obligatorietat de plans anteriors. Aquest pla començà a funcionar el curs 1969-70 i suposà una renovació metodològica i estructural de gran repercussió en la comunitat universitària. També dins la UB tingué un paper cabdal pel que fa a la seva especialitat.
Amb Ll. Pericot fundà l’Institut d’Arqueologia i Prehistòria (1959), que dirigí fins el 1985 excepte el període comprès entre el 1977 i el 1983, i creà el seu òrgan d’expressió, la revista Pyrenae (1965); amb això, els dos investigadors sembraren la llavor de l’Escola Catalana d’Arqueologia que els havia llegat Bosch i Gimpera i que transmeteren a les generacions futures. D’aquest mateix moment és la creació de la biblioteca especialitzada en prehistòria, història antiga i arqueologia, adscrita a l’Institut (i que ara pertany al Departament universitari). Els fons bibliogràfics anteriors de la UB, del Seminari d’Arqueologia creat per Bosch i Gimpera el 1915 i els comprats per M. Almagro i Ll. Pericot fins al principi dels seixanta, havien estat dipositats sempre al Museu Arqueològic de Barcelona, que funcionà com a centre de recerca de la UB mentre el catedràtic i el director del Museu eren la mateixa persona (primer Bosch i després Almagro). Amb Maluquer es trencà aquesta sintonia i els ensenyants de l’especialitat es trobaren amb la biblioteca “bloquejada” al Museu i amb greus problemes per a accedir-hi; llavors començà a organitzar una biblioteca moderna, amb l’ajut dels qui l’envoltaven, però que sempre estigué mancada dels fons propis antics, que passaren a ser propietat de la Diputació de Barcelona i de la biblioteca de la Universitat Autònoma de Barcelona quan el Dr. Ripoll, director del Museu, accedí a aquesta universitat.
El seu ben guanyat prestigi en càrrecs de gestió el portaren, l’any 1974, a succeir M. Almagro al capdavant de la Comisaría Nacional de Excavaciones de Madrid, el lloc més important de l’arqueologia estatal, ja que era el que controlava tot el treball de camp que es feia a l’Estat espanyol. Els cinc anys que ocupà aquest càrrec propiciaren canvis de tot tipus en l’encarcarada estructura encara franquista; dinamitzà molts projectes existents i n’encarregà de nous a joves prehistoriadors i arqueòlegs que iniciaven la seva trajectòria científica durant la segona meitat dels anys setanta.
Des de la plataforma universitària de l’Institut d’Arqueologia i Prehistòria fou l’impulsor dels Symposia de Prehistoria Peninsular, que marcaren una fita en tot l’Estat entre el 1959 i el 1982. El vessant de la difusió el conreà en forma de llibres com La humanidad prehistórica (1968), de la col·lecció RTV de Salvat, juntament amb Lluís Pericot, o en el contacte directe amb els aficionats del país a través de les seves reunions setmanals del dimecres o de la creació del diploma d’arqueologia hispànica de la UB, uns cursos d’extensió universitària que serviren durant els anys setanta i vuitanta per a donar un vernís de ciència arqueològica a tothom qui volia aprofundir aquest àmbit.
Altres treballs publicats sobre prehistòria catalana i hispànica, sobretot des del Neolític fins als ibers, i també visions de conjunt són: El proceso histórico de la antigua población peninsular, Tartessos (1970), Historia económica y social de España. La Antigüedad (1973), en col·laboració amb A. Balil, J.M. Blázquez i J. Orlandis, La prehistoria española (1975), Tartessos. La ciudad sin historia (1970 i 1975), El santuario protohistórico de Zalamea de la Serena (1981-83) i, en col·laboració amb M. Picazo i A. Martín, el Corpus vasorum antiquorum. Espagne. Musée Monographique d’Ullastret (1984) i Prehistòria i edat antiga (1987), primer volum de la Història de Catalunya que dirigí Pierre Vilar.
D’altra banda, en els moments de la Transició fou membre de la comissió de traspassos Estat/Generalitat en matèria de cultura. Mantingué el seu ritme de treball fins el darrer moment, ja que morí poques hores després d’arribar a Artesa de Segre procedent de les excavacions a Cortes de Navarra.
En l’actualitat, el seu fons personal el conserva la família. La seva bibliografia més completa fou publicada en el volum 22-23 de la revista Pyrenae, aparegut en homenatge seu l’any 2000.