En el Judaisme bíblic hom aplicà el nom, d’antuvi, a les ofrenes fetes a Déu separades de l’ús profà. Més comunament significà la sentència d’extermini del botí de guerra sobre el qual havia estat decretada la maledicció de Déu.
En el cristianisme, a partir del concili d’Elvira (~ 306), l’anatema esdevingué el procediment regular contra els heretges o contra els qui combatien els dogmes i l’autoritat de l’Església. Les actes dels concilis en què eren dirimides qüestions de fe acostumaven a acabar amb una sèrie d’anatemes contra els qui sostinguessin el contrari d’allò que havia definit el concili. Normalment, era el bisbe el qui havia de pronunciar l’anatema.
Actualment és un procediment a penes usat.