Els seus antecedents es troben en els diversos cossos de seguretat de l'Estat espanyol creats pel règim franquista des del 1939. En acabar la Guerra Civil Espanyola, en coexistiren diversos, dedicats a la lluita contra la subversió en els àmbits interior, militar i exterior. Un dels més importants per l'abast i els recursos era el Servicio de Información de la Guardia Civil (SIGC), fundat l'any 1941. Aquests cossos tenien com a tasca principal la lluita contra el separatisme i el comunisme i, en general, de tota subversió que posés en perill els fonaments de la dictadura. A partir del 1951, el ministre i posteriorment almirall Luis Carrero Blanco fou el principal reorganitzador dels serveis secrets espanyols, els quals constituí, sobretot, a partir del SIGC. L'any 1968, per tal de controlar i evitar les revoltes estudiantils, fou creada l'Organización Contrasubversiva Nacional (OCN), que posteriorment s'introduí també en l'àmbit laboral i religiós, amb centenars de confidents i infiltrats. L'any 1972 l'OCN fou reorganitzada i adoptà el nom de Servicio Central de Presidencia del Gobierno, conegut per la sigla SECED, amb el qual es reforçà la unificació de tot l'aparell d'informació i contrainformació interior, que fou dotat, a més, de potents mitjans tècnics.
El Govern d'Adolfo Suárez reestructurà el Ministeri de Defensa i, amb ell, els serveis d'intel·ligència, els quals es constituïren l'any 1977 com a Centro Superior de Información de la Defensa (CESID), centrat sobretot en la lluita contra ETA. Els anys següents el CESID fou objecte de polèmiques a propòsit del 23 de febrer i la irrupció dels Grupos Antiterroristas de Liberación. A l'octubre del 1982 féu avortar un intent de cop d'estat. L'any 1995 un escàndol d'escoltes telefòniques provocà el cessament de la cúpula de l'organisme i, el 1996, la dimissió del vicepresident del Govern i del ministre de Defensa. L'any 2002 fou reestructurat per tal d'homologar-lo als serveis d'intel·ligència de la UE, l'OCDE i altres organitzacions occidentals i hom li donà el nom actual. L'any 2005 es féu efectiva la segregació de les funcions d'intel·ligència militar en el Centro de Inteligencia de las Fuerzas Armadas (CIFAS).