El 1964 ingressà a l’exèrcit, i participà en les guerres contra l’Índia del 1965 i del 1971. Més tard, es graduà a l’escola militar de Quetta i estudià en una acadèmia militar britànica. Professor de l’Escola Nacional de Defensa, el 1998 fou designat cap de l’exèrcit pel primer ministre Nawaz Sharif. En desacord amb l’armistici del 1999 amb l’Índia, signat arran dels conflictes territorials del Caixmir, malgrat ésser destituït, el mateix any enderrocà Sharif en un cop d’estat i implantà un règim militar.
L’any 2001 s’autoinvestí cap d’estat i de les forces armades. Si bé el cop d’estat li reportà condemnes internacionals immediates, l’alineament de Musharraf en la lluita antiterrorista global després dels atemptats de l’onze de setembre transformà l’hostilitat en suport (el 2004 el Pakistan reingressà al Commonwealth, d’on havia estat suspès el 2001). Donà suport a l’enderrocament dels talibans a l’Afganistan (2001) i patí diversos atemptats fallits. El 2002 s’autolegitimà en un referèndum titllat de fraudulent, es dotà de poders per a dissoldre el Parlament i, el mateix any, el seu partit, la Lliga Musulmana del Pakistan (LMP), guanyà les eleccions legislatives. El 2003 donà suport a la guerra a l’Iraq, cosa que el feu molt impopular al seu país. No obstant això, tant l’OTAN com el govern afganès l’acusaren de connivència amb les milícies talibanes i d’al-Qā‘ida que tenien les bases a la frontera amb l’Afganistan.
L’abril del 2004 creà un Consell Nacional de Seguretat, que presidí. Des del setembre del 2004 desbloquejà les negociacions amb l’Índia sobre el conflicte del Caixmir. El juliol del 2007 ordenà l’assalt a la Mesquita Roja d’Islāmābād, que justificà com a operació antiterrorista, i que causà un centenar de morts. L’octubre del mateix any fou confirmat en el càrrec de president en unes eleccions que el Tribunal Suprem declarà il·legítimes. Musharraf empresonà aleshores els jutges contraris a ell i declarà l’estat d’emergència. En les eleccions legislatives del gener del 2008, la LMP de Musharraf fou derrotada pels opositors Partit Popular del Pakistan (la líder del qual Benazir Bhutto, fou assassinada durant la campanya) i el partit de Nawaz Sharif, els quals formaren una coalició de govern.
Musharraf dimití el 18 d’agost de 2008 i s’exilià al Regne Unit. El 2010, un informe de les Nacions Unides acusà de passivitat el seu govern en l’assassinat de Benazir Bhutto. El març del 2013 retornà al Pakistan amb la intenció de presentar-se a les eleccions generals del maig, però els tribunals l’inhabilitaren i li imposaren arrest domiciliari. El 24 de desembre de 2013 s’inicià el judici de Musharraf per alta traïció i participació en l’assassinat de Benazir Bhutto. El març del 2016 li fou aixecada la prohibició de viatjar per rebre tractament mèdic i anà a Dubayy. El desembre del 2019 un tribunal especial el condemnà a mort en absència per alta traïció, veredicte que fou anul·lat pel Tribunal Superior de Lahor el 13 de gener de 2020.