Té l’origen en el Partit Comunista de Cambodja, fundat el 1951. En un principi els khmers roigs lluitaren contra Norodom Sihanuk, però quan aquest fou víctima d’un cop d’estat el 1970, s’hi aliaren (fins el 1976). El 1975, amb l’ajut del Vietnam, enderrocaren el règim militar. Dirigits per Pol Pot, els khmers roigs instauraren un règim de terror que, en quatre anys, assassinà uns dos milions de persones. Foragitats del poder pel Vietnam, que establí un règim addicte el 1979, tornaren a la guerrilla.
Contraris a l’acord de pau del 1991 entre el règim provietnamita i Sihanuk (el qual l’any 1982 integrà una facció dissident dels khmers roigs), continuaren hostilitzant el govern cambodjà. Molt afeblida, la mateixa organització jutjà i condemnà Pol Pot el 1996, tot i que l’any 2000 persistien els enfrontaments. La reinserció dels antics guerrillers i el judici dels responsables dels genocidis dels anys 1975-79 han esdevingut els principals obstacles per a l’estabilitat de Cambodja.
Al llarg dels anys següents, tot i que molts foren arrestats, la majoria dels membres de la cúpula dels khmer roigs, atesa l’avançada edat de molts d’ells, anaren morint (entre els quals cal citar el mateix Pol Pot). L’any 2001 el Parlament de Cambodja, coordinadament amb les Nacions Unides, creà un tribunal internacional especial per a jutjar els crims contra la humanitat comesos entre el 1975 i el 1979. Els judicis començaren el 2006 i la primera condemna no es produí fins el 2010, quan Kang Kek Ieu, conegut amb el sobrenom de Duch, fou inculpat com a cap d’un centre de tortures i responsable de les execucions d’unes catorze mil persones.Condemnat a cadena perpètua, al juny del 2011 s’inicià el judici contra els darrers supervivents de la cúpula del moviment. L’agost del 2014 el tribunal condemnà a cadena perpètua per crims contra la humanitat Nuon Chea, màxima autoritat del règim després de Pol Pot, i l’expresident Khieu Samphan, sobre els quals, el novembre del 2018, s’afegí una segona cadena perpètua per genocidi contra les minories musulmana i vietnamita. Nuon Chea morí el 2019 i Duch el 2020. Altres dos líders del règim, Ieng Sary i Ieng Thirith moriren abans de ser sentenciats (2013 i 2015, respectivament).