Fou descrit l’any 1909 per Dorothea Bate, a partir d’una conversa amb el malacòleg anglès mossèn Aschington Bullen, que va comunicar-li l’existència d’unes bretxes riques amb material ossi en el llevant mallorquí. La seqüència evolutiva més ben documentada és la de l’illa de Mallorca. Fou iniciada amb M. pepgonellae del Pliocè inferior, el qual esdevingué M. antiquus en el Pliocè superior; en el Plioplistocè donà lloc a M. kopperi, en el Plistocè inferior a M. batei, i finalment esdevingué M. balearicus en el Plistocè mitjà. Aquesta darrera població migrà cap a Menorca aprofitant un descens del nivell del mar durant el Plistocè mitjà. D’altra banda, la forma més antiga coneguda a Menorca és M. biniguarensis del Plioplistocè, la qual cosa sembla indicar una possible línia evolutiva exclusivament menorquina.
El caprí, Myotragus balearicus es caracteritza per diversos trets causats per evolució insular, com per exemple, òrbites frontalitzades, nasals reduïts, narines posteriorment localitzades i proporcions corporals robustes.