Es graduà en història (1980) i dret (1982) a la Universitat Lliure d’Amsterdam, on el 1992 obtingué el doctorat el 1992 en dret i fou professor del 1993 al 2002. Del 1982 al 1984 treballà al Consell d’Universitats dels Països Baixos. Afiliat a l’Aliança Democratacristiana (CDA), des del 1984 n'ha detingut diversos càrrecs. Fou regidor d’Amstelveel (1982-98) i cap del grup municipal del CDA del 1994 al 1998. Aquest any fou elegit diputat de la Cambra de Representants, i cap del grup parlamentari des de l’octubre del 2001. Arran del resultat de les eleccions del 2002 fou elegit primer ministre d’un govern de coalició que incloïa el partit d’ultradreta Llista Pim Fortuyn, les dissensions a l’interior del qual portaren a la convocatòria d’eleccions anticipades al gener del 2003, el resultat de les quals portà al maig a una nova coalició de centredreta presidida per Balkenende que es dissolgué al juny del 2006 per les diferències sobre política immigratòria. Després de les eleccions del novembre, Balkenende fou nomenat novament primer ministre al febrer del 2007 al capdavant d’un govern que incloïa dos partits democristians i el laborista. Les diferències sobre l’enviament de més tropes a l’Afganistan provocaren la sortida al febrer de 2010 dels laboristes de la coalició de govern, el qual restà en minoria. Balkenende oferí llavors la dimissió a la reina Beatriu I, però finalment continuà al capdavant del govern, amb caràcter provisional fins a la celebració d’eleccions anticipades el 9 de juny de 2010, en les quals els democristians sofriren una severa derrota.