Es formà en acadèmies militars franceses. El 1979 retornà al seu país i s’integrà a l’exèrcit com a oficial. Aliat de Hissène Habré, quan aquest aconseguí la presidència el 1982 el nomenà cap de les forces armades, i des d’aquest càrrec dirigí les campanyes militars contra les incursions líbies el 1984 i el 1987. Dos anys després, la creixent confrontació amb Habré comportà el seu exili a Líbia i posteriorment al Sudan, on formà el Moviment de Salvació Patriòtica que hostilitzà el règim de Habré fins el 1990, que l’enderrocà. Convertit en l’home fort del nou govern, el 1991 s’autoproclamà president, càrrec que revalidà el 1996 i el 2001. El 2005 convocà un referèndum constitucional per suprimir el límit de dos mandats consecutius, que guanyà, i el 2006, el 2011, el 2016 i el 2021 continuà guanyant eleccions presidencials, molt qüestionades a causa de les irregularitats i el frau.
Emparat en la puixança de l’explotació petroliera que, no obstant això, no ha impedit que la majoria de la població txadiana continués estant entre les més pobres del món, imposà un règim autocràtic que ha estat qualificat entre els més corruptes del món. El 2006 i el 2008 sufocà dos intents de l’oposició armada d’enderrocar-lo, i en el segon rebé ajut de França. A la regió del Dārfūr, fronterera amb el Sudan, s’enfrontà des del 2003 a les allaus de refugiats i hagué de contenir l’extensió del conflicte a l’interior del territori txadià. Ordenà incursions als estats veïns de la República Centreafricana i Mali, sumits des del final de la dècada de 2000 en greus conflictes, i posteriorment perseguí activament l’islamisme militant, especialment de Boko Haram, que actua a Nigèria.
Morí per les ferides rebudes mentre combatia al capdavant de les seves tropes contra l’organització politicomilitar antigovernamental Front per l’Alternança i la Concòrdia al Txad (FACT) al nord del país.