Té com a finalitat dur a terme tasques de seqüenciació per a projectes de recerca genòmica. Fou impulsat a partir d’un acord entre el govern espanyol i la Generalitat de Catalunya (departaments d’Innovació, Universitats i Empresa i departament de Salut), els quals financien el Centre a parts iguals. En el seu inici formaven part de l’equip una vintena de científics d’una desena de nacionalitats, els quals disposaven de deu aparells de seqüenciació. Entre els primers projectes hi havia la seqüenciació del genoma de la leucèmia limfàtica crònica i del càncer de ronyó.