Conegut també amb el pseudònim de Peius, estudià farmàcia i es doctorà, i, posteriorment, també es doctorà en ciències naturals a Madrid i, després, l’any 1878, en medicina a París. En aquesta darrera ciutat publicà la seva obra, prologada pel positivista Émile Littré, La Mort et le diable (1880), considerada com la més brillant del positivisme català, corrent en què s’inscriu l’autor, i que conegué a través del mateix Littré i de Renan. També cal adscriure en aquest corrent el seu opuscle Los cent consells del Consell de Cent (1891). Així mateix, des de París, on residí llargues temporades, col·laborà en la revista El Porvenir (1876-77), considerada com un dels portaveus més significatius del positivisme, l’evolucionisme i el materialisme de l’època, a més d’oposar-se al conservadorisme del Diario de Barcelona. Anteriorment, l’any 1871, havia traduït al català l’obra de Ludwig Büchner La teoria darwiniana, publicada dins del diari La Humanitat, portaveu de l’Associació Lliurepensadora de Barcelona. Amb el temps, el seu positivisme evolucionà cap a un vitalisme amb evidents arrels nietzschianes. Dins d’aquesta evolució cal entendre obres com Herejías (1887), Literaturas malsanas (1894) i Amigos y maestros (1898). A Barcelona, es distingí pel seu catalanisme progressista, que el portà a fundar, juntament amb Jaume Brossa, Eudald Canibell i Josep Lluís Pellicer, l’Associació Catalana d’Artistes i l’Ateneu Lliure de Catalunya, l’any 1877, entitats que destacaren per la seva oposició als criteris ideològics i literaris de la Renaixença i que es poden considerar com una reacció a l’ambient en què vivia l’Ateneu Barcelonès arran del boicot dels conservadors al curs “El positivismo o el sistema de las ciencias experimentales” que havia de donar Pere Estasén i la prohibició dels actes que havien proposat Salvador Sanpere i Pompeu Gener, a causa del seu tarannà progressista i favorables al positivisme.
El 1880 participà en el I Congrés Catalanista, en el qual s’alineà juntament amb la gent del Centre Català. Més endavant col·laborà en la revista Ciencia Social (1895-96), de tendència obrerista i anarquista. Participà en la Festa Modernista del Cau Ferrat, que se celebrà a Sitges (1894), en la qual fou un dels valedors de l’obra de Jean Richepin. L’any 1900, escriví en la revista Hispania, sota la direcció artística de Raimon Casellas, articles com “Ruskin, pontífice de la belleza” o “Thomas Carlyle” . Entre el 1900 i el 1906 formà part de la redacció de la revista Joventut, juntament amb altres autors modernistes com Jeroni Zanné o Jaume Brossa, publicació que mantingué una línia vitalista definida com a ibsenianonietzschiana, regeneradora i de caràcter cosmopolita, que la feien porta d’entrada dels corrents estètics europeus més avançats de l’època, però al temps convivia amb corrents decadentistes. També col·laborà en Catalunya (1903-05), revista dirigida per Josep Carner, on la presència de Pompeu Gener creà certs recels en els sectors més tradicionals i religiosos del catalanisme, tot i que aquesta revista és considerada com de transició cap al noucentisme literari i, per tant, acollí sectors modernistes al costat d’autors més característics del noucentisme, com ara Josep Carner o Jaume Bofill, que llavors encara estaven sota la influència de Torras i Bages.
De la seva obra cal esmentar: el recull d’articles Inducciones (1901) i, sobretot, Cosas de España (1903), en què es pot trobar, entre altres aspectes, una reinterpretació de les arrels del catalanisme del s. xix i que inclogué la reedició de Heregías (1887). També sobresurt Dones de Cor (1904), que inclogué Agna Maria, dins de la Biblioteca d’El Poble Català, com a última obra important d’aquest autor.