El primer president del nou club fou Alfons Cànovas Lapuente. El 1968 el Club Natació Atlètic ja havia refusat aquest intent de fusió promogut per l’Ajuntament de Barcelona.
El 1995 fou inaugurada una piscina coberta de 33 × 25 m, emplaçada als terrenys dels antics Banys de Sant Sebastià de la Barceloneta, instal·lacions que posteriorment s’ampliaren amb una piscina descoberta i un gimnàs de 1.200 m2. Organitza la Travessia del Port de Barcelona que, des del 1926, programava el Club Natació Atlètic. Les seves principals seccions són les de natació i waterpolo.
Equip de waterpolo de la temporada 2009-10 del Club Natació Atlètic-Barceloneta
© CLUB NATACIÓ ATLÈTIC-BARCELONETA / JORDI LÓPEZ
Alguns dels nedadors més destacats foren David Meca, Sara Pérez o Jordi Carrasco. L’equip de waterpolo masculí ha guanyat diverses competicions: Lliga espanyola (1970, 1973, 1974, 2001, 2003, 2006-19), Copa del Rei (2004, 2006-10, 2013-19), Supercopa d’Espanya (2002, 2003, 2004, 2006-11, 2013, 2015-19, 2021), Copa de Catalunya (2007-10, 2013-19), Copa d'Europa (2014) i Supercopa d'Europa (2014). Entre el 2005 i el 2009 assolí el rècord d’imbatibilitat en guanyar 144 partits consecutius de competicions oficials estatals. L’any 2003 Manel Domenech i Joan Antoni Sierra recolliren la història de l’entitat en el llibre 90 anys d’història del Club Natació Atlètic-Barceloneta (1913-2003).