Fou fundat l’any 1929 amb el nom de Barceloneta Amateur Club (denominació que mantingué fins l’any 1939). Tingué el seu origen en una penya d’amics denominada Lobos de Mar, formada per treballadors de La Maquinista Terrestre i Marítima. Els socis impulsors foren Joan Capellades, Francesc Pros, Alexandre Mústich, Andreu Borrego i Ramon Mas. A l’inici, els entrenaments es realitzaven a la piscina de Montjuïc. El 1961 emergí la figura de Joan Fortuny, que donà al club fins a quaranta-sis títols de campió d’Espanya i cinquanta-set rècords estatals. L’any 1968 començaren a utilitzar una piscina coberta de 25 m que l’Ajuntament inaugurà al passeig Marítim. A partir d’aquest moment destacà l’escola de waterpolo, que li reportà vint títols de campió d’Espanya en categories infantil, juvenil i júnior. L’equip sènior guanyà tres Lligues d’Espanya (1970, 1973, 1974) i trencà l’hegemonia del Club Natació Barcelona. A banda de Joan Fortuny, altres esportistes destacats foren Antoni Escudero, Vicenç Olmos, Josep Bonet, Antoni Bayarri o Lolo Ibern. L’any 1992 es fusionà amb el Club Natació Atlètic i es constituí el Club Natació Atlètic-Barceloneta.