Els canvis en l’al·lelotip poden sorgir per mutació, selecció, derivació genètica o processos de migració en cas d’isolament incomplet de poblacions.

Les regions que sofreixen més sovint d’al·locíclia són els centròmers, els telòmers i les regions organitzadores del nuclèol (organitzador nucleolar). Els cromosomes més freqüentment al·locíclics són els cromosomes sexuals, els cromosomes B i els cromosomes limitats del sexe.