Després de vanes i llargues temptatives per tal d’obligar els senyors feudals del Llenguadoc a exterminar els reductes de llurs terres, el Papat es decidí, al principi del segle XIII, a emprar l’excomunió i l’interdit. Quan, el gener del 1208, fou assassinat el legat papal Pere de Castelnou, la lluita adoptà uns aspectes més greus. Ramon VI fou acusat a Innocenci III d’haver instigat al crim; hom predicà una croada que prometia indulgències a tots els qui emprenguessin l’exterminació dels heretges i els seus fautors, començant pel comte de Tolosa.
Durant el 1208, l’abat del Cister, Arnau Amalric, i Guiu, abat de Vaux de Cernai, predicaren la croada per terres franceses, sabent que el casal de França tenia mires concretes de dominar el Llenguadoc. Davant el perill, el comte de Tolosa s’avingué a fer penitència pública per la mort del legat. La croada es dirigí aleshores a les terres del vescomte Trencavell, feudatari de Barcelona i nebot del comte tolosà. La host croada, reclutada a França principalment, arribà al Llenguadoc pel juliol del 1209. La comandava Arnau Amalric i la componien alguns bisbes i la flor de la noblesa francesa: entre altres, el duc de Borgonya, el comte de Nevers i Simó IV, comte de Montfort. El 22 de juliol, després que els burgesos de Besiers es negaren a lliurar els càtars d’una llista que els presentaren els croats, la ciutat fou presa per assalt i hi hagué una matança quasi total de la població, sense que hom distingís entre heretges i catòlics. La frase ''Mateu-los tots, Déu reconeixerà els seus', és llegendària; tanmateix, expressa l’estat d’esperit dels croats, culpables de la mort de milers d’habitants de l’Albigès.
La caiguda de Besiers sembrà l’espaordiment per tot el Llenguadoc, mentre els croats posaven setge a Carcassona, principal fortalesa dels Trencavell, on el vescomte s’havia refugiat amb els seus. Carcassona es veié obligada a rendir-se quan el seu vescomte, Ramon Roger, fou pres a traïció mentre parlamentava amb els assetjants. Simó de Montfort, elegit cap de la croada, fou investit nou senyor de les terres de Trencavell. Aquest, empresonat a la seva antiga fortalesa, no tardà a morir, segons sembla emmetzinat.
La nova situació creada pel dret canònic, que donava dret a confiscar les propietats dels defensors d’heretges, posava al rei català Pere I la difícil qüestió d’acceptar o no com a vassall el comte de Montfort. Sobirà de la terra carcassonesa, el rei es negà a rebre l’homenatge del francès. La croada dirigí els seus atacs contra Tolosa, objectiu inicial i més important de l’expedició. Sòlidament fortificat a Carcassona, Simó de Montfort esperava que les crisis internes que dividien Tolosa la hi fessin caure a les mans.
Com en d’altres regions occitanes, l’oligarquia burgesa que dominava la ciutat havia lluitat per aconseguir del comte una més gran autonomia comunal. Però enfront de l’antic patriciat, de base econòmica agrícola, s’havia alçat una nova classe de rics: comerciants, industrials i banquers, sense revoltes ni disturbis, s’havien emparat del govern ciutadà, excloent-ne pràcticament els terratinents. En línies generals, els patricis i els diversos estaments eclesiàstics, amb Folquet, bisbe de Tolosa, al cap, s’havien trobat units per la disminució de llurs privilegis i la disminució de valor de les terres, a causa del nou impuls del comerç i del canvi social i econòmic general. Mentre que els nous rics es trobaven que l’Església condemnava el lucre i tota mena d’usura, l’església dels càtars no tan sols no condemnava el negoci, sinó que l’afavoria i tot. Aquells antagonismes de classe, barrejats amb la ideologia, es traduïen a Tolosa en veritables batalles campals entre el poble i els burgesos amics dels càtars i la confraria blanca, creada pels catòlics (i un dels precedents de l’orde dominicà) per acabar amb la usura i l’heretgia.
La conquesta de les principals viles llenguadocianes, com Menerba, Cabret, Lavaur i Castelnaudari, i el terror que els francesos de Montfort escamparen per l’Albigès, el Tolosà i el Menerbès, coincidiren en els anys subsegüents amb una complicada situació del rei d’Aragó i Catalunya, embrancat en dificultats econòmiques de tota mena i enfrontat amb l’amenaça imminent d’una ofensiva almohade contra els regnes cristians de la península, ofensiva deturada el 1212 pels reis peninsulars a les Navas de Tolosa.
Mentrestant, el comte de Tolosa, el de Foix, el de Comenges i el vescomte de Bearn es veien encerclats per les tropes franceses, reforçades per noves remeses de croats vinguts de tot França. Havent dominat les terres de l’Agenès, el Conserans i el Comenges, que els bisbes corresponents li havien ofert, Simó de Montfort pogué preparar-se a conquerir Tolosa, sota el pretext que el seu comte es negava a lliurar-ne els heretges. Pere I, que com a vassall del Papat havia rebut el sobrenom de Catòlic, procurà d’aconseguir del pontífex el cessament de la croada. Amb ambaixades a Roma i amb el seu desplaçament personal al concili de Lavaur, convocat per a decidir la qüestió de la croada, el rei esperava d’obtenir el seu objectiu. Però si aconseguí de convèncer Innocenci III —que per escrit desaprovà gairebé tot el que fins aleshores havien fet els croats—, els bisbes i arquebisbes occitans reunits a Lavaur trabucaren hàbilment els resultats de la diplomàcia catalana i persuadiren el papa que l’aturament de la croada seria un daltabaix general.
Davant el conflicte amb l’Església, Pere I no reculà. El gener de 1213 acceptava com a vassalls els principals senyors de les terres occitanes que encara no depenien del casal català, i prometé d’emparar-los. La topada amb els croats es presentà al final de l’estiu, davant la vila de Muret, on s’havien refugiat Simó de Montfort i els seus. Els francesos, assetjats per les tropes de Pere el Catòlic i les dels seus vassalls occitans, en un ràpid atac per sorpresa aconseguiren de desconcertar els assetjants; dos dels cavallers francesos reeixiren a matar el rei (12 de setembre).
La desfeta en la batalla de Muret faria retirar oficialment les tropes catalanes d’Occitània. El petit hereu del tron, Jaume I, era ostatge dels croats francesos i aviat en seria la penyora perquè, a canvi d’ell, cessés al Llenguadoc la intervenció massiva dels catalans. El concili de Montpeller i l’ecumènic del Laterà (1215) desposseïren Ramon VI de les seves terres llenguadocianes. El nou senyor, Simó de Montfort, rebia la investidura dels nous feus de mans de Felip August, rei de França, per tal com el sobirà legítim havia mort a Muret i el seu hereu era massa jove i li era difícil de protestar.
Malgrat les revoltes que aquella decisió provocà, els francesos de Montfort s’establiren a Tolosa. Acostumats als mètodes prevalents a França, la carregaren de nous imposts, aboliren les llibertats comunals i tornaren a permetre els préstecs a interès, condemnats pel partit dels catòlics i patricis, tot perdent d’aquella manera el suport popular i el dels contraris al catarisme. Tolosa no trigà a revoltar-se contra el nou comte, seguida per bona part de les grans viles llenguadocianes, que veien en el jove Ramon VII l’oportunitat de tornar a l’antiga forma de vida. Efectivament, vencedor dels francesos a Bellcaire, el jove comte uní tot seguit les seves forces amb les que el seu pare havia reclutat al Pallars i el comte de Foix havia rebut del territori de Castellbò, on el seu sogre, senyor d’aquell vescomtat i conseller del rei Jaume, era un dels caps visibles de l’església càtara catalana. Tolosa es pogué desfer dels ocupants francesos i tornà a poder dels legítims senyors.
El 25 de juny de 1218, mentre assetjaven Tolosa, Simó de Montfort i el seu germà Guiu foren morts. Amb ells cessà de mica en mica la primera croada contra els albigesos. La dinastia dels Montfort se n'anà per sempre més d’Occitània. Però el rei de França, Lluís VIII, el 1224 tornà a convocar una croada contra el Llenguadoc, decidit a conquerir-lo definitivament. Es repetiren els atacs i les excomunions; fins que el 1229, mort ja Lluís VIII, la seva vídua, Blanca de Castella, signà un tractat amb Ramon VII, pel qual aquest perdia la major part de les seves terres a favor de França.
Quant al casal català, el tractat de Corbeil del 1258, a base de mútues renúncies per part de catalans i francesos, consagrava de forma definitiva la situació assolida uns trenta anys abans.