Preocupat per la verola, posà en pràctica l’antic sistema oriental de la inoculació usant limfa de grangers afectats pel cow-pox (malaltia de les vaques). Aquesta mesura preventiva salvà la vida, des del 1796, a moltes persones contagiades de verola i fou l’origen de la vacunació, que ha estat emprada amb èxit contra moltes altres malalties infeccioses (Pasteur, Koch, Ferran, etc). Els resultats a les 23 primeres vacunacions foren comentats per Jenner en el seu llibre Inquiry into the Cause and Effects of the Variolae Vaccinae (1798).