L’emplaçament és situat en el de l’antiga mesquita major, transformada en església parroquial amb el nom de Santa Maria d’Almatà. El 1351, iniciades les obres de la nova església parroquial de Santa Maria de Balaguer, la de Santa Maria d’Almatà esdevingué església d’una comunitat de clarisses que s’hi establí i, a la vegada, santuari de la Mare de Déu d’Almatà. El 1626, després de dos segles de decadència, el convent fou repoblat amb clarisses observants; hom amplià l’església i traslladà a l’altar major, en presència de Felip IV, una imatge de talla del Crist molt venerada; des d’aleshores l’església esdevingué santuari i hom li donà el nom actual. L’església fou refeta, encara, el 1787; abandonat el 1835, el convent fou tornat a habitar el 1867.
