Té el precedent en els antics miñones i miqueletes de l’administració foral. El 1982 entrà en operació la primera promoció, dedicada a la protecció d’institucions i càrrecs del govern autònom. Posteriorment, el cos anà ampliant les seves competències, coordinadament amb la retirada dels cossos de seguretat de l’Estat fins el 1995, que assumí totes les atribucions en matèria d’ordre públic i acabà el seu desplegament a tot el País Basc. Des d’aleshores el cos ha tingut una participació important en la lluita antiterrorista, i els seus membres (ertzainak) foren sovint víctimes dels atemptats d’ETA fins a la renúncia a la lluita armada (2011) d’aquesta organització. Al juny del 2017 el Ministeri de l’Interior espanyol acordà amb la Junta de Seguretat del País Basc autoritzar l’accés de l’Ertzaintza a la informació policial europea i la participació en els òrgans de seguretat estatals.