Llicenciat en dret el 1985 per la Universitat de Deusto, el 1987 accedí a la carrera judicial i el 1988 fou nomenat jutge a Santoña (Santander), on exercí fins el 1999, que ocupà una plaça a l’Audiència Provincial de Biscaia. Jutge de l’Audiència Nacional des del 2004, inicialment en substitució de Baltasar Garzón, fou titular del jutjat central d’instrucció número 5 (2007-12). En aquest càrrec instruí diverses causes contra presumptes membres d’ETA, entre les quals contra Arnaldo Otegi per enaltiment del terrorisme (finalment arxivada) i el 2009 dictà presó per a 31 presumptes membres de Segi, organització il·legalitzada que qualificà d’organització terrorista, finalment absolts i que posteriorment l’acusaren de no haver impedit que la policia els torturés.
Instruí també la causa de l’accident de l’avió Yak-42 (2003), en el qual moriren 62 militars espanyols, investigació que arxivà. El 2007 instruí la causa contra la revista El Jueves per injúries a la corona espanyola, que acabà amb multes a dos autors de la publicació, i per la crema d’una imatge de Joan Carles I a Girona, causa retirada el 2017 després d’una sentència en contra del Tribunal Europeu de Drets Humans, que emparà el fet en la llibertat d’expressió. Vocal del Consell General del Poder Judicial (2013-18) a proposta del Partido Popular i president de la Sala Penal de l’Audiència Nacional (2012-18), el juny del 2018 fou nomenat ministre de l’Interior del govern de Pedro Sánchez.
En aquest càrrec avalà la política repressiva iniciada pel govern anterior del PP contra l’independentisme català, el qual equiparà amb la violència etarra, i negà sempre extralimitacions dels cossos de seguretat en les actuacions contra aquest moviment. La seva política de control dels immigrants també ha estat controvertida, amb algunes mesures avalades (les anomenades “devolucions en calent”) i d’altres frenades (deportacions automàtiques d’immigrants sense papers amb antecedents) pels tribunals europeus. El maig del 2020 destituí el coronel Diego Pérez de los Cobos com a cap de la Guàrdia Civil per no haver informat el govern de les investigacions que el cos duia terme a Madrid en ocasió de les manifestacions del 8 de març.