Amb seu a Varsòvia, harmonitza i coordina els controls dels estats membres, als quals assessora i proporciona suport tècnic. La logística i el personal de les operacions corresponen als estats. Coordina les operacions marítimes conjuntes i els controls terrestres dels estats membres amb fronteres exteriors, i dirigeix la resposta ràpida en situacions d’emergència, així com el retorn d’immigrants declarats il·legals (bé que la determinació dels retorns és competència de cada estat), i també centralitza i facilita l’intercanvi d’informació i vetlla pel compliment de les normes comunitàries en la matèria. Té presència en la majoria d’aeroports internacionals d’Europa. A banda de la lluita contra la criminalitat, el terrorisme i la delinqüència procedent de països tercers, la seva competència principal és el control de la immigració a la UE, que des de la dècada de 2010 ha adquirit un caràcter massiu a causa de les guerres a Síria i a Líbia i dels conflictes en altres zones de l’Orient Mitjà. A l’èxode a Europa de centenars de milers de refugiats en condicions infrahumanes, s’hi afegeix el d’immigrants d’un caràcter econòmic procedents d’altres països, bé que sovint és difícil diferenciar els uns dels altres. Grècia, Itàlia i l’Estat espanyol són els principals accessos marítims en els quals actua Frontex, mentre que els terrestres són a Bulgària, Romania, Polònia i Eslovàquia. Les diferències en política migratòria dels estats membres, en l’èmfasi entre l’ajut humanitari i la seguretat i altres interessos divergents han paralitzat sovint el reforçament de l’agència, malgrat la gravetat d’aquestes circumstàncies. D’altra banda, Frontex també ha entrat en conflicte amb les organitzacions no governamentals que duen a terme operacions de rescat de refugiats i immigrants a la Mediterrània.