Tot i que, de moment, Carles IV no havia volgut adherir-se a la coalició europea contra França —per manca de preparació militar i també amb l’esperança d’afavorir Lluís XVI—, quan el rei francès fou executat declarà la guerra a la República. El tancament de fronteres i l’estricta censura ideològica permeteren de crear a Catalunya un clima d’hostilitat a la Revolució, presentada com a atea i regicida, fet que contrarestà la propaganda revolucionària de les autoritats franceses des del Rosselló, que intentaven d’apel·lar al sentiment català d’independència. Alhora, el malestar causat per l’escassetat de queviures —que ja havia provocat l’any anterior els Rebomboris del Pa— fou canalitzat contra els francesos, acusats de fer d’agitadors i de preparar la revolució. El fet que l’allistament no fos forçós, sinó voluntari, augmentà la popularitat de la lluita. A Barcelona fou creada una junta de comissionats de la ciutat per tal d’organitzar la defensa de la plaça per cossos de ciutadans armats (a la manera de l’antiga Coronela abolida el 1714) i contribuir amb 800 voluntaris a l’exèrcit del general Antonio Ricardos, encarregat de dirigir les operacions. Aquest envaí el Vallespir (17 d’abril de 1793) i ocupà Sant Llorenç de Cerdans, Arles, Ceret i, en caure el fort de Bellaguarda, el dominà del tot. Per l’agost ocupà Vilafranca de Conflent i aviat amenaçà Perpinyà. Però aquests èxits ocultaven una situació crítica: mancat de recursos humans i materials, hagué de retirar-se a passar l’hivern al Voló. Mentrestant, per primer cop en cent cinquanta anys, el govern de Madrid es recordà de la catalanitat del Rosselló i féu publicar el tercer llibre de la Crònica de Bernat Desclot (en castellà) sobre la invasió francesa del 1285, per tal d’enardir els catalans, tot i que la política real del govern —i la practicada per Ricardos— era merament la de col·laboració amb els reialistes francesos —que intervenien amb tropes pròpies en la invasió— en l’enderrocament de la República. La mort imprevista de Ricardos i, quasi immediatament, la del seu successor, el general O'Reilly, deixà l’exèrcit a les ordres del capità general interí, Jerónimo Girón, marquès de Las Amarillas, succeït finalment per Luis-Fermín de Carvajal Vargas y Brun, comte de La Unión. La reacció francesa, mentrestant, trencà el front invasor i penetrà a la Cerdanya, a la Vall d’Aran i a la seu d’Urgell i desallotjà del Voló l’exèrcit del comte de La Unión (abril del 1794). Els francesos penetraren a l’Empordà i, en el pla governatiu, discutiren les possibilitats d’una annexió de Catalunya a la República Francesa o àdhuc la creació d’un estat satèl·lit que protegís la frontera meridional de França. Malgrat que el comte de La Unión ressuscità el sometent general català (abolit pels decrets de Nova Planta) per poder fer cara als francesos, aquests el foragitaren dels darrers reductes vallespirans (Cotlliure i Portvendres) i ocuparen Sant Llorenç de la Muga. Aquests fracassos provocaren un motí a Barcelona: el poble donà mort a un centenar de soldats reialistes —molts d’ells rossellonesos— sospitosos de simpatitzar amb la Revolució Francesa. En caure a mans franceses el fort de Bellaguarda (setembre del 1794), el comte de La Unión intentà de defensar Figueres, però morí a la derrota de Mont-roig —on també morí el general francès Dugommier— i Figueres obrí les portes als invasors. Davant la situació crítica del Principat, i a instàncies de l’ajuntament de Manresa, fou creada a Barcelona una junta de diputats dels corregiments catalans (desembre del 1794 - gener del 1795), que continuà a Girona sota el comandament del nou capità general, José de Urrutia, i que dreçà plans de defensa i acordà de demanar al govern l’exempció del cadastre —que fou denegada— i material bèl·lic. A Girona fou decidit l’allistament de 20.000 voluntaris catalans, cos de miquelets comandat pel mariscal de camp Joan Miquel de Vives. La junta intentà de convertir-se en Junta de Govern del Principat, però Urrutia s’hi oposà; subsistiren, però, les juntes de corregiment, entre les quals es destacà la de Girona, i es crearen a València cossos de voluntaris honrats, per a ajudar a la defensa. El redreçament català donà fruits: el general francès Perignon intentà, debades, de travessar el Segre i més tard el Fluvià i fou derrotat a Pontós i Fluvià, mentre que el general Cuesta arribà a Puigcerdà i Urrutia alliberà l’Empordà. La pau de Basilea (agost del 1795) posà fi a la guerra.