Els anys 1948-50 fou alumne de l’Acadèmia del KGB, i es graduà per la Universitat Estatal de l’Azerbaidjan el 1957; després anà escalant posicions dins el partit comunista de l’Azerbaidjan i el de la Unió Soviètica (PCUS). Fou dirigent de la república de l’Azerbaidjan del 1969 al 1982, any que fou el primer musulmà a ingressar al politburó del PCUS. Contrari a les reformes de Gorbačov, Əliev fou obligat a dimitir el 1987. Líder de l’enclavament àzeri de Nakhičevan durant la proclamació de la independència de l’Azerbaidjan (1991), després del cop d’estat del juny del 1993 que feu caure Əbülfəz Elçibəy, assolí la presidència de la república, confirmada en unes eleccions a l’octubre. El mateix any afavorí l’ingrés de l’Azerbaidjan a la CEI. Reforçat amb l’ampliació dels poders de la presidència, sancionats en el referèndum de reforma constitucional del 1995 i, malgrat les nombroses irregularitats denunciades per observadors internacionals, en les eleccions del 1999, establí un règim personalista, sostingut en la puixança de l’explotació petroliera i la repressió sistemàtica, i mantingué obert el conflicte d’Alt Karabakh.
L’agost del 2003 el Parlament, dominat per l’oficialista Nou Partit de l’Azerbaidjan, nomenà el seu fill Ilham Əliyev primer ministre, el qual, després de la mort del seu pare, aconseguí la presidència de la república en unes controvertides eleccions a l’octubre.