Iniciat com a Institut d’Estudis Locals l’any 1972, fou transferit a l’ens autonòmic el 1979. És dirigit per un consell general i dividit en seccions, actualment onze. Els seus membres tenen caràcter de col·laboradors. Té per missió la promoció de la investigació i a les publicacions referents a les Illes Balears. En aquest sentit, afavoreix el funcionament d’altres centres culturals i col·labora amb entitats científiques. Les seves publicacions, començaren el 1973 i hom pot destacar-ne la reedició el 1996 del primer llibre de química en català, Tractat del salitre, editat a Mallorca el 1640, obra pionera pràcticament en tot l’àmbit de les llengües romàniques, atribuïda al polvorista oficial del Regne de Mallorca, Miquel Carbonell. El seu òrgan d’expressió és la publicació trimestral Estudis Baleàrics, apareguda a partir del 1981.
Entre les seves activitats es destaquen les Jornades d’Estudis Històrics Locals (1981) i l’Encontre de Compositors (1983). El 2004, sota la direcció de Gabriel Janer i Manila, es transformà en l’instrument institucional de la cultura catalana a les Illes Balears, després de la ruptura entre el govern de les Illes Balears i l’Institut Ramon Llull. Promou la cultura catalana de les Illes a l’exterior, en esdeveniments com ara la Fira de Frankfurt (2004) o el Saló Expollengües de París (2005). El 2007 Sebastià Serra i Busquets fou nomenat director de la institució, i el 2010 fou subtituït per Santiago Juan i Juan. L’any 2011 fou designat en el càrrec de director Cristòfol Vidal i Vidal.