Fou fundada per Jaume II el 1297, quan establí la delimitació de l’antiga vall d’Alfàndec o de Marinyén, defensada pels castells de Marinyén i d’Alcalà d’Alfàndec, que rebé després el nom de Valldigna i la cedí al monestir de Santes Creus perquè hi fundés un monestir. L’any següent es formà la comunitat inicial, que constava de tretze monjos. El nou monestir rebé el domini d’un extens territori format per la vall del seu nom, amb les poblacions de Simat de la Valldigna, Benifairó de la Valldigna, la Vall de Tavernes (després Tavernes de la Valldigna), la Xara, Alfulell, l’Ombria, Massalali, el Ràfol d’Alfàndec i l’Alcudiola d’Alfàndec, habitades majorment per musulmans. La magnanimitat del rei Jaume II, que el 1300 li donà Barx, el 1301 li donà facultat d’obrir cases procures o cases abadies a València, Xàtiva (Costera), Alzira (Ribera Alta) i Gandia (Safor) i li concedí o confirmà noves alqueries a Carcaixent (Ribera Alta), Rugat (Vall d’Albaida), Polinyà de la Ribera, Fortaleny i Almussafes (Ribera Baixa) i València (Horta), seguida de la magnanimitat dels seus successors, alguns dels quals sufragaren el monestir, i una hàbil política d’adquisicions dels abats el convertiren en el monestir més ric del regne. Els seus abats tenien veu i vot a les corts valencianes i estengueren la seva influència per tot el País Valencià. Malgrat la seva filiació a Santes Creus, posseïa plena autonomia en l’elecció dels abats, tenia la cura del monestir de Montsant de Xàtiva (1320) i fundà el priorat de Sant Bernat a Rascanya, a l’Horta de València (1388).
Els antics edificis monàstics, precedits d’una portada fortificada, conserven encara dins llur ruïna alguns elements gòtics (al claustre i als antics dormitoris, a la sala capitular, al menjador i al palau de l’abat), però l’església i moltes dependències foren reedificades després dels terratrèmols del 1335 i el 1644. L’església fou refeta el 1680, i el campanar el 1697.
Els abats foren elegits a perpetuïtat des dels orígens fins al 1530, que començaren a ésser triennals i al segle següent quadriennals. A partir del 1460 hi entraren els abats comendataris, entre els quals cinc de la família Borja. Al segle XVIII i al principi del XIX Valldigna tingué una última etapa brillant, sobretot en l’aspecte cultural, amb una sèrie de monjos escriptors, polemistes i historiadors. Tenia una important biblioteca i un ric arxiu que en part se salvà, transportat a la Saïdia de València, a l’Arxiu del Regne de València i a l’Archivo Histórico Nacional. El 1820 la comunitat fou dissolta temporalment, i d’una manera definitiva el 1835.
Abaciologi de Santa Maria de Valldigna
| abat | periode |
|---|---|
| Ramon de Santcliment1 | 1299-1310 |
| Joan Font1 | 1310-1332 |
| Ramon Calbó1 | 1333-1342 |
| Bernat Boix1 | 1342-1357 |
| Arnau Saranyó1 | 1357-1387 |
| Lluís Rull1 | 1394-1415 |
| Pere de Santjoan1 | 1415-1424 |
| (cisma entre Sanou i Berenguer Vic) | 1424-1427 |
| Berenguer Vic1 | 1428-1442 |
| Lopes Palasí1 | 1442-1448 |
| Pere Baldó1 | 1448-1460 |
| cardenal de Sant Crisogono2 | 1448-1460 |
| Joan d’Aragó , arquebisbe de Saragossa2 | 1460-1469 |
| Roderic de Borja, cardenal (futur Alexandre VI )2 | 1469-1491 |
| Cèsar Borja , arquebisbe de València i Cardenal2 | 1491-1499 |
| Pere Baldó3 | 1499-1500 |
| Joan Català2 | 1500-1502 |
| Pere Lluís de Borja, arquebisbe de València i cardenal2 | 1502-1504 |
| Joan de Vera, arquebisbe de Salern i cardenal2 | 1504-1507 |
| Pere Lluís de Borja2 | 1507-1511 |
| Bernat Despuig3 | 1511-1512 |
| Alfons d’Aragó, arquebisbe de Saragossa i València, patriarca de Jerusalem2 | 1512-1518 |
| Alfons de Borja2 | 1518-1530 |
| Gaspar Bellver3 | 1530-1536 |
| Jaume Riera3 | 1536-1538 |
| Cosme Amer3 | 1538-1541 |
| Pere Lopes3 | 1541-1544 |
| Joan Bonança3 | 1544-1547 |
| Joan Fenollet3 | 1547-1550 |
| Josep Garrigues3 | 1550-1553 |
| Joan Fano3 | 1553-1556 |
| Jaume Bellvís3 | 1556-1560 |
| Josep Garrigues3 | 1560-1563 |
| Joan Gutiérrez3 | 1563-1566 |
| Joan Fano3 | 1566-1569 |
| Jaume Bellvís3 | 1569-1572 |
| Jeroni Valls3 | 1572-1575 |
| Jaume Bellvís3 | 1575-1578 |
| Joan Fano3 | 1578-1579 |
| Josep Garrigues3 | 1579-1582 |
| Pere Castell3 | 1582-1585 |
| Francesc Gil3 | 1585-1588 |
| Josep Garrigues3 | 1588-1591 |
| Francesc Gil3 | 1591-1594 |
| Bartomeu Gimeno i Bartomeu Serrano (interregne) | 1594-1598 |
| Bartomeu Serrano3 | 1598-1601 |
| Joan Costeja3 | 1601-1604 |
| Bartomeu Serrano3 | 1604 |
| Rafael Lluc3 | 1604-1607 |
| Joan Costeja3 | 1607-1608 |
| Joan Serra3 | 1608-1611 |
| Francesc Calderó3 | 1611-1614 |
| Jeroni Talens3 | 1614-1617 |
| Jeroni Salvà4 | 1617-1620 |
| Jaume Torres4 | 1620-1624 |
| Nicolau Talevera i Castellet4 | 1624-1628 |
| Jaume Torres4 | 1628-1631 |
| Nicolau Talevera i Castellet4 | 1631-1632 |
| Francesc Garcia4 | 1632-1636 |
| Nicolau Talevera i Castellet4 | 1636-1640 |
| Francesc Talevera i Castellet4 | 1640-1644 |
| Rafael Trobat4 | 1644-1648 |
| Francesc Cruanyes4 | 1649-1652 |
| Rafael Trobat4 | 1652-1656 |
| Pere Trudó4 | 1656-1660 |
| Rafael Trobat4 | 1660-1665 |
| Jaume de la Tonda4 | 1665-1668 |
| Francesc Mont-real4 | 1668-1672 |
| Francesc Garí4 | 1672-1676 |
| Ramon Sanç de la Llosa4 | 1676-1680 |
| Vicent Lloret4 | 1680-1684 |
| Jeroni Espí4 | 1684-1688 |
| Plàcid Saurina4 | 1688-1692 |
| Vicent Lloret4 | 1692-1697 |
| Josep Castillo4 | 1697-1700 |
| Pere Joan Ferrer4 | 1700-1704 |
| Joan Baptista Fàbregas4 | 1704-1708 |
| Carlos Utrevo4 | 1709-1713 |
| Gerard Castillo4 | 1713-1716 |
| Pere Joan Ferrer4 | 1716-1720 |
| Feliu Garix4 | 1720-1724 |
| Agustí Casasnoves4 | 1724-1728 |
| Bruno de Salcedo y Enrique de Navarra4 | 1728-1732 |
| Feliu Garix4 | 1732-1736 |
| Bruno de Salcedo y Enrique de Navarra4 | 1736-1740 |
| Lluís Sanxis4 | 1740-1744 |
| Josep Minyana4 | 1745-1748 |
| Lluís Sanxis4 | 1748-1752 |
| Carles Fita4 | 1752-1756 |
| Patrici Palau4 | 1756-1757 |
| Manuel Rovria i Salafranca4 | 1760-1764 |
| Joaquim Cucarella4 | 1765-1769 |
| Josep Minyana4 | 1769-1773 |
| Alberic Rubio4 | 1773-1776 |
| Joaquim Cucarella4 | 1776-1780 |
| Carles Fita4 | 1781-1784 |
| Francesc Santjoan4 | 1785-1788 |
| Pasqual Talens4 | 1788-1792 |
| Josep Aparicio4 | 1792-1796 |
| Joaquim Servent4 | 1796-1800 |
| Joan Baptista Mas4 | 1800-1804 |
| Josep Aparicio4 | 1805-1808 |
| Francesc Guillem4 | 1809-1812 |
| Farncesc Torres4 | 1812-1812 |
| Robert Torregrossa4 | 1816-1819 |
| Joan Marià Vilaragut4 | 1819-1826 |
| Francesc Torres | 1827-1830 |
| Robert Torregrossa | 1830-1835 |
| 1 abat perpetu; 2 abat comendatari; 3 abat triennal; 4 abat quadriennal | |