Fill del cardenal Roderic de Borja (Alexandre VI) i de mare desconeguda, fou legitimat per butlla de Sixt IV el 1481. El 1483 el seu pare li cedí la baronia de Llombai i li atorgà 50.000 ducats per a adquirir béns als regnes hispànics. El 1484, durant les disputes entre Ferran II i Alexandre VI sobre l’arquebisbat de Sevilla, fou empresonat. El 1485 lluità al regne de Granada, i pel fet d’haver entrat el primer al raval de Ronda, Ferran II li concedí el títol d’egregi, estès als seus germans Cèsar, Joan i Jofré. El 1485 comprà a Ferran II les terres de Gandia, i rebé el títol de duc. El 1486 es prometé amb María Enríquez, cosina germana de Ferran II, però no s’hi arribà a casar. Retornà a Roma, on morí. Fou succeït pel seu germà Joan.